[R-br] Como substituir caracteres de um data frame por valores numéricos?

Bom dia, tenho um data frame composto por quatro caracteres "a","g","t" e "c". Nas linhas do data frame estão as espécies (sp1, sp2, sp3 ...) e nas colunas estão os sítios, que vão de 1 a 320 e podem conter qualquer um dos quatro caracteres. Gostaria de transformar todos os caracteres "a" e "g" do data frame em 1 e todos os caracteres "t" e "c" em 2. Como faço isso? Tentei usar o *transform*, mas não consegui. Obrigada, -- Elisa