ok... vamos para um exemplo reproduzivel (note que se vc abrir o R a partir do diretorio no qual vc tem file_vitor.xlsx gravado, basta copiar e colar o codigo abaixo).....

(como estamos dizendo o tempo inteiro, eh importante que exista um exemplo reproduzivel, pq a gente nao perde tempo correndo atras de solucoes hipoteticas que nao funcionarao no seu caso em particular - a sua estrutura de dados eh diferente do que vc descreveu inicialmente)

install.packages('xlsx')
library(xlsx)
dadosCompletos = read.xlsx('file_vitor.xlsx', 1)
pares = dadosCompletos[,-1]
f = function(x){
   as.data.frame(t(apply(x, 1, sort, na.last=TRUE)))
}
ordenado = do.call(cbind, lapply(seq(1, ncol(pares), 2), function(i) f(pares[, c(i, i+1)])))
names(ordenado) = names(pares)
head(ordenado)


apesar de eu ter lido o xlsx direto, vc pode ler o proprio csv que vc criou e tudo deve funciona como descrito.

benilton