Eu colaboro em arquivos tex e Rnw com pessoas que usam windows. Essas pessoas usam o RStudio (editor R, Rnw, Rmd, tex) que permite mudar o encoding facilmente pelo menu 'file > reopen with encoding'. O editor de texto Geany (instale no Linux com sudo apt-get install geany) também tem isso no menu 'arquivo > recarregar como'. O geany é mais leve que o gedit e hoje é meu aplicativo padrão para arquivos de texto no Linux.

À disposição.

Walmes.