Falo como quem só conhece a lattice e nunca fez um gráfico da ggplot (viés). A verdade que o que você faz com um você também faz com outro. É por isso motivo que nunca me interessei em aprender a ggplot. A lattice tem sido suficiente. Outra que não gosto do padrão default dos gráficos em cinza mas reconheço que isso é customizável. Agora uma coisa é verdade, os gráficos da lattice são gerados mais rápido. A ggplot demora pra fazer os gráficos, pelo que eu observei outras pessoas fazendo e rodei códigos da blogesfera R. Eu acho simples compreender e dominar os recursos da lattice e tem mais pacotes que usam lattice para apresentar resultados que ggplot, como exemplo temos a nlme, lme4, e alguns pacotes que trabalham com mapas. Não sei de nenhum pacote que use a ggplot. Se você lida com esse pacotes é mais útil saber lattice. O ideal é saber as duas, claro, mas diante da limitação de tempo eu iria para lattice primeiro.