Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando.  

Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um  WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.

Espero ter te ajudado.

Att.

Tiago.   

Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
From: pedro.rafael.marinho@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.

Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?

OBS: Estou em uma máquina Linux.

* using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
* using R version 2.15.1 (2012-06-22)
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
* using session charset: UTF-8
* checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
* checking extension type ... Package
* this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... OK
* checking if this is a source package ... OK
* checking if there is a namespace ... OK
* checking for executable files ... OK
* checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
* checking installed package size ... OK
* checking package directory ... OK
* checking for portable file names ... OK
* checking for sufficient/correct file permissions ... OK
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking top-level files ... OK
* checking index information ... OK
* checking package subdirectories ... OK
* checking R files for non-ASCII characters ... OK
* checking R files for syntax errors ... OK
* checking whether the package can be loaded ... OK
* checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK
* checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
* checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK
* checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
* checking for unstated dependencies in R code ... OK
* checking S3 generic/method consistency ... OK
* checking replacement functions ... OK
* checking foreign function calls ... OK
* checking R code for possible problems ... OK
* checking Rd files ... WARNING
prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd cross-references ... OK
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking examples ... OK
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
  cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection


[   ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.


Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT  que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2  é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora  e reimplementou  o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu  como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada?

[   ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.


Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <ml-node+s2285057n4657009h56@n4.nabble.com> escreveu:



On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:

> Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão?

1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions"  que descreve isto em
detalhes.

2 certifique-se que voce testou o seu pacote :

R CMD check SEU_PACOTE

e corrija todos os eventuais problemas

> Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
> fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações
> fiquem disponíveis?

Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION

>
> Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
> completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira
> vez?
>

Bem vindo ao Universo do Software livre

Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
quiser

Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
Leia sobre licxancas GPL e análogas

Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
livre-se  destas preocupacoes

>
> São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.

Nao sao somente suas.
Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
controvérsias!

>
> Obrigado à todos.
> [   ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
>
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