Daniele,
Sem o CMR é difícil dizer exatamente o quê pode estar acontecendo!
Quando você compara um vetor, o resultado é um vetor:
> set.seed(0)
> vetor <- round(abs(rnorm(10) * 200))
> vetor <= 50
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE
>
SE você tentar testar o vetor de valores binários, ele "retorna" o mesmo vetor se a comparação for contra "TRUE" e o complemento se for contra FALSE.
> (vetor <= 50) == TRUE
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE
> (vetor <= 50) == FALSE
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE
>
O erro que você postou tem mais a ver com o objeto não admitir comparações.
Poste um exemplo com seu vetor aqui para a gente ver o que está acontecendo de fato!
HTH
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Cesar Rabak