Pessoal, boa noite! Vou repassar na íntegra a minha dúvida que postei no R_STAT (grupo do yahoo) aqui no r-br. Estou tentando desenvolver um cluster e tenho duas linhas de comando distintas, vou tentar explicar o cenário: - Já tenho a matriz de distância de Mahalanobis (matriz de similaridade) e que no caso não está padronizada; - Preciso fazer o método de ligação UPGMA; A primeira linha de comando está abaixo: require(graphics) require(utils) clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022", "RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816", "RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233", "RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509", "RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197", "RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036", "IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850", "RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842", "IAC52-326","RB935915","RB806043") soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) # Esse daqui pessoal é da onde eu copio e colo minha matriz de Mahalanobis do Excel # x=dist(soca35,method="euclidean") #Não conseguir Mahalanobis# hc=hclust(x,method="average") (dend1=as.dendrogram(hc)) plot(dend1,horiz=TRUE,edge.root=TRUE) abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) # esse número 96.45 é segundo um coeficiente de Mojita que me aconselha onde deve ser cortar o cluster # São dois problemas nessa linha: 1º eu não consigo colocar o vetor com os nomes dos clones nos respectivos números no dendrograma; 2º a escala da distância está terminando em 150 e deveria estar um pouco mais estendida, talvez indo até 170; 3º não consegui usar Mahalanobis, tive que usar Euclidiana para dar procedimento A segunda linha de comando: library(cluster) soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=82) is.matrix(soca35) sc=agnes(soca35,method="average",metric="mahalanobis",stand=FALSE) #Cultivares cultivares=c("RB925211","SP70-1143","RB91537","SP91-1049","RB943339","RB971537", "RB72454","RB855511","RB855156","RB835486","IAC86-2210","RB912695","RB945065", "RB945962","RB947532","RB936001","RB965586","RB931604","RB957751","SP85-3877", "RB961005","RB966920","SP89-1115","Laica98-208","RB855035","SP80-3280", "RB947501","RB835089","RB872552","CO434","RB946915","IAC87-3396","RB855063", "RB9620","RB961530","SP70-1284","SP80-1842","RB83102","RB855563","RB855536", "RB945961","RB945956","IAC93-7009","H83-9998","RB9557","RB896342","RB961527", "RB961539","SP71-6949","SP83-2847","RB946022","RB957712","RB945954","CB45-155", "L60-14","RB951015","RB867515","RB9364","RB93522","RB957689","RB92606", "RB971551","RB71114","RB962002","RB965921","RB855127","RB915124","RB935860", "RB941531","RB915141","RB735200","RB965911","RB855322","RB855206","RB945964", "RB92508","RB863129","RB925345","RB957610","RB956911","CO775","RB739735") dendro=as.dendrogram(as.hclust(sc)) pltree(sc,labels=clones,ylab="Distância",main="Dendograma ... ") abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) Problemas: 1º Quando consegui colocar o nome das indivíduos, no comando pltree não consigo deixar na horizontal como no primeiro exemplo; 2º Desconfio que não esteja usando a matriz de Mahalanobis, pois como não acusa erro, se retirar o metric="mahalanobis" também funciona, gerando o mesmo resultado Se pudesse exemplificar todo o meu dilema, gostaria de encontrar um gráfico como no trabalho abaixo (Figura 2): http://www.plosntds.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pntd.0000452 No qual ele usa a biblioteca pgirmess, a qual não obtive muito sucesso, como no comando pvclust() também não. Alguém poderia me ajudar? Abraços