Obrigado Benilton,

      Mas eu gostaria de utilizar separado em colunas apenas COLONIA%X e operario_X e não todo o nome do arquivo em uma única coluna, conforme a sua solução. Segue um CRM que funcione:

##Criando os arquivos
x1<-rnorm(100)
write.table(x1, file='Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_1_c1_140616.txt', col.names=FALSE, row.names=FALSE, quote=FALSE)
x2<-rnorm(100)
write.table(x2, file='Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_2_c1_140616.txt', col.names=FALSE, row.names=FALSE, quote=FALSE)
x3<-rnorm(100)
write.table(x3, file='Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_3_c1_140616.txt', col.names=FALSE, row.names=FALSE, quote=FALSE)


#Lendo os arquivos criados
fileNames <- c(
"Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_1_c1_140616.txt",
"Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_2_c1_140616.txt",
"Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_3_c1_140616.txt")

#criando arquivo único com nomes dos arquivos e transpondo conteúdo
x = do.call(cbind, lapply(fileNames, read.table, header=TRUE))
names(x) = fileNames
write.table(t(x), file='saida.mod', col.names=FALSE, row.names=TRUE, quote=FALSE)






Em 08/07/2014 14:01, Benilton Carvalho escreveu:
#-------------------------------------------------------------------------------
### Download a partir de uma lista de links com os arquivos
#-------------------------------------------------------------------------------
#
### Obtenção de links
links <- c(
"https://www.dropbox.com/s/l5ofrqw01tnfmmv/Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_1_c1_140616.dpt",
"https://www.dropbox.com/s/tkxkov16z813oc6/Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_2_c1_140616.dpt",
"https://www.dropbox.com/s/hjcmw9qutwwolo0/Cupim%20Syntermes_COLONIA%201_operario_3_c1_140616.dpt")

tokens    <- gsub("^.*/s/","",dirname(links))
fileNames <- basename(links)
newLinks  <- file.path("http://dl.dropbox.com/s", tokens, fileNames); newLinks

for (a in newLinks) {
          tryCatch(download.file(a, dest=basename(a), mode='wb'),
                              error=function(...) print("Falha no download!"))}

### Verificando arquivos baixados corretamente
##############################################################################
fileInfo  <- file.info(fileNames); fileInfo ### observe o segundo arquivo
files.OK  <- fileNames[fileInfo$size>0 & !is.na(fileInfo$size)]; files.OK

### Operando 

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