Você pode manipular o objeto 'sp', resultante da importação, com a função elide() do pacote {maptools}. Se precisar de um novo shapefile, utilize a função writeOGR() ou similar.
setwd("C:/LAB/RGIS/coords/elide")
lapply(c('rgdal', 'maptools', 'shapefiles'), require, character.only=TRUE)
#Download do controno da área em shapefile
links <- c(
if (sum(sapply(basename(links), file.exists))>3) {
lapply(links, function(a) tryCatch(download.file(a, dest=basename(a), mode='wb'),
error=function(...) message("ERRO!")))} else message('OK!')
## Abrir e visualizar contorno
CRS.new <- CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0")
cont <- readOGR(getwd(), "Tamandua288")
cont@bbox
proj4string(cont) <- CRS.new
plot(cont)
cont2 <- elide(cont, shift=c(1032,280))
plot(cont2, col=3, add=T)
ogrDrivers()
writeOGR(cont2, getwd(), 'cont2', 'ESRI Shapefile')
dir(patt='.*shp')