Olá Felipe, obrigado pela dica. Mas acredito que meu problema seja um pouco diferente do que foi explanado no seu email. Consegui fazer com que os arquivos fossem abertos, lidos e salvos num local diferente (a pesar de ter feito isso num formato que funciona apenas para a minha situação, já que preciso declarar o nome de cada arquivo dentro do diretório "entrada"). Irei colar meu script no corpo pra facilitar a abordagem da minha dúvida. 

#Diretório  raiz
rootDir <- 'C:\\Users\\user\\Desktop\\'
#Diretório da base de dados observados a ser lida
dataDir <- paste(rootDir,'entrada\\',sep='')
#Diretório onde escreverá os arquivos 
outputloc <- paste(rootDir,'saida\\',sep='')

#nomes dos arquivos no diretorio (sem a extensao)
cidades = c("abelardoluz","aguaclara")

#vetor de latitudes, escritas na ordem correspondente as cidades acima
lat = c(-30, 0)

for (i in cidades){
  
  estacao = i
  a = read.table(paste(dataDir,estacao,'.txt',sep=''), sep = ";", header = T); str(a)

  #--------------------Separar colunas de interesse--------------------#
  a$DATE = as.Date(levels(a$DATE))[a$DATE]; str(a)
  a$DiaJuliano = format(a$DATE, trim = T, '%j') ; a$DiaJuliano
  a$DiaJuliano = as.numeric(format(a$DATE, trim = T, '%j')); str(a$DiaJuliano) 

  #--------------------Calculo das Variaves Astronomicas--------------------#
  head(a)
  corr = pi/180
  a$decl = 23.45*sin(corr*((a$DiaJuliano-80)*360/365)); a$decl
 
#----Aqui esta o problema----#
    a$hn = 1/corr*acos(-tan(corr*lat[(as.numeric(length(i)))])*tan(corr*a$decl))
    a$N = 2*a$hn/15
    head(a)
  
  write.table(a,file=paste(outputloc,i,'.txt',sep=''),col.names=T, row.names=F, sep="\t")
 }
#--FIM DO SCRIPT--#

Minha dificuldade está em utilizar apenas a latitude correspondente a cidade que estou abrindo no meu for().
Percebi que usando o comando length() sempre irei utilizar a ultima latitude do objeto "lat". As vezes que inseri um for() para ler as latitudes, cada cidade correu todas as lat informadas e também salvou apenas a última. Assim, minha intensão é conseguir fazer com que cada cidade utilize apenas a latitude correspondente do objeto lat.

Mais uma vez, agradeço pela colaboração de todos!

Yury Duarte
Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

Em 17 de novembro de 2016 10:24, Felipe <felipe.e.barletta@gmail.com> escreveu:

Yuri, pode ler e carregar vários arquivos da seguinte maneira (e criar diretório):
(Não testei com seus dados)


### Indica diretório que vai trabalhar
setwd('~/caminho/')

# lista todos os arquivos com extensão .csv
input <- dir(pattern='.txt')
L <- length(input)

### Lendo arquivos e salvando em uma lista
dados <- NULL
for (i in 1:L){
    dados[[i]] <- read.table(input[i],h=T)
    cat(input[i],'\n')
}


agora é só fazer os cálculos que deseja e depois pode crira um diretório para salvar

### Cria diretório
dir.create('~/caminho/')


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Atenciosamente,


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Felipe E. Barletta Mendes
Estatístico(UFPR) - Conre3 9766-A
Mestrando em Bioestatística(UEM)
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