Edson,

Você tá usando a agricolae::HSD.test()? Bem, internamente ela não tem proteção contra os NA. O que eu faço é já remover os NA da base para iniciar a análise. Faça

dados <- dados[complete.cases(dados),]

Lembre-se a HSD.test() vai usar a média harmônica do número de repetições que só é recomendado para desbalanceamentos pouco severos. Outra coisa implícita na analises é a de que os NA surgem ao acaso, ou seja, as árvores que morreram não podem ter sido por função dos tratamentos.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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