Walmes,
Vide pergunta novamente!!
A solução ideal ficou a do Benilton.
Faria,
a sua solução é uma alternativa interessante, pois poderia gerar um gráfico png por exemplo para aquela(s) figura(s) em especial. Mais no caso de querermos gerar todas as figuras num formato específico, aí já ficaria complicado (pensemos nuns 40 gráficos por exemplo). Eu geralmente já utilizo um,
\begin{figure}[H]
<<fig=T>>=
plot(1:10,1:10)
@
\caption{}
\end{figure}
Com a sugestão do Benilton, ao compilar o arquivo, os gráficos gerados são em png ao invés do pdf (default), resolvendo o problema. O único inconveniente, é que teria que fazer isso direto do terminal. O ideal, é que o vim tivesse uma opção para mudar a extensão dos gráficos gerados. De qualquer maneira, obrigado a todos pelas sugestões!
Agora, aproveitando o ensejo,
outra pergunta. Tem algum comando específico, para que, ao compilar o arquivo sweave, os gráficos gerados vá para uma pasta específica diferente daquela onde está o arquivo.Rnw?