Muito obrigado pela ajuda Cid, mas ainda tem alguma informação que está sendo perdida, pois:

myfile <-
  vroom("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/yolov3ants/master/result_imgval.txt", delim = "\t", skip = 5)

myfile <- myfile %>% rename(dados = `folder input=imgval/ and output=backup/`)


myfile <- myfile %>% filter(str_detect(dados, c("Start","sample","lca:"))) %>% as.data.frame() %>% filter(!str_detect(dados, c("Predicted")))


dim(myfile)
[1] 73  1

Eu sei por contagem direta no arquvo result_imgval.txt  que tem 52 lca no output do result_imgval.txt do myfile só aparecem 18.

Seguindo o seu caminho, se eu tento selecionar todos os lca, faço:

myfile <-
  vroom("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/yolov3ants/master/result_imgval.txt", delim = "\t", skip = 5)

myfile <- myfile %>% rename(dados = `folder input=imgval/ and output=backup/`)
myfile <- myfile %>% filter(str_detect(dados, c("lca:"))) %>% as.data.frame()

dim(myfile)
#[1] 73  1

Mais então eu perco a informação dos arquivos *jpg e todo arranjo que modifico nos filtros não consigo recuperar a informação. Eu sei que tudo estará OK, quando no final:

unique(myfile3$sample)
#[1] 100

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Alexandre dos Santos
Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology
Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres
Caixa Postal 244 (PO Box)
Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real 
Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code)
Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 
Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680
OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 
ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10
Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/
--

#Download dos dados
myfile <-
  vroom("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/yolov3ants/master/result_imgval.txt", delim = "\t", skip = 5)

myfile <- myfile %>% rename(dados = `folder input=imgval/ and output=backup/`)


myfile <- myfile %>% filter(str_detect(dados, c("Start","sample","lca:"))) %>% as.data.frame() %>% filter(!str_detect(dados, c("Predicted")))


dim(myfile)


myfile2 <- myfile %>%
  separate(dados, c("Start", "sample"), sep = "/") %>%
  select("sample")


myfile2[is.na(myfile2)] <- 1



myfile3 <- myfile2 %>% mutate(lca = ifelse(sample == "1", "1", "0"),
                   lca = lead(lca, default = "0")) %>% filter(!sample == "1")