6 Fev
2013
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'13
12:39
Ok FH, obrigada. bom dia Renata 2013/2/6 FHRB Toledo <fernandohtoledo@gmail.com> > Renata, > > CMR é a abrevição de Código Mínimo Reproduzível, veja no rodapé das > mensagem da lista um link com um guia de postagens! > > Lá você verá como reportar uma dúvida para a lista em que as pessoas > possam de ajudar de modo mais apropriado! > > Continuando no seu problema, se você inspecionar essa lista verá que esses > nomes row1, row2 e etc aparecem em algumas posições! > > Não entendo muito da lógica desse seu plot, mas ele com certeza coleta > informações dessa lista e usa para os gráficos... > > att, > FH > > 2013/2/6 Renata Carvalho <renataecology@gmail.com> > >> Ei FH, desculpe mas sou nova na R-br, oq é CMR? Não entendi muito bem sua >> sugestão, são 180 linhas na matriz. Na verdade o que me interessa são os >> sites que se chamam CODE na minha tabela. São 4 CODES e gostaria de que >> fossem plotados como símbolos. O resultado do str(vare.cca) segue abaixo. >> Renata >> >> >> >> > str(vare.cca) >> List of 12 >> $ call : language cca(formula = Y ~ Scale + CODE + AWMSI + NumP + >> dIICM1 + CA, data = dados) >> $ grand.total: int 14250 >> $ rowsum : Named num [1:180] 0.01284 0.01221 0.00428 0.00182 0.00295 >> ... >> ..- attr(*, "names")= chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> $ colsum : Named num [1:4] 0.0109 0.0147 0.0923 0.8821 >> ..- attr(*, "names")= chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" >> $ tot.chi : num 0.0335 >> $ pCCA : NULL >> $ CCA :List of 15 >> ..$ eig : Named num [1:3] 0.014421 0.001308 0.000155 >> .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> ..$ u : num [1:180, 1:3] -0.841 -0.735 0.384 0.311 0.395 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> ..$ v : num [1:4, 1:3] -3.6741 -5.2473 2.1821 -0.0953 -3.3397 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> ..$ u.eig : num [1:180, 1:3] -0.1009 -0.0883 0.0461 0.0374 0.0474 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> ..$ v.eig : num [1:4, 1:3] -0.4412 -0.6301 0.262 -0.0114 -0.1208 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> ..$ wa.eig : num [1:180, 1:3] -0.00198 -0.02677 -0.05176 0.25506 >> 0.02216 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> ..$ wa : num [1:180, 1:3] -0.0165 -0.2229 -0.4311 2.124 0.1845 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> ..$ biplot : num [1:8, 1:3] 2.71e-18 2.64e-01 3.99e-01 5.34e-01 >> 5.38e-01 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ... >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> ..$ rank : int 3 >> ..$ qrank : int 8 >> ..$ tot.chi : num 0.0159 >> ..$ QR :List of 4 >> .. ..$ qr : num [1:180, 1:8] 282.8427 0.1563 0.0925 0.0604 0.0768 ... >> .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. .. ..$ : chr [1:180] "1" "2" "3" "4" ... >> .. .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ... >> .. ..$ rank : int 8 >> .. ..$ qraux: num [1:8] 1.16 1.05 1 1 1.03 ... >> .. ..$ pivot: int [1:8] 1 2 3 4 5 6 7 8 >> .. ..- attr(*, "class")= chr "qr" >> ..$ envcentre: Named num [1:8] 600 0.199 0.067 0.235 2.57 ... >> .. ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" >> ... >> ..$ Xbar : num [1:180, 1:4] 0.00599 0.00674 0.00346 -0.00445 >> 0.00673 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" >> ..$ centroids: num [1:4, 1:3] -0.919 0.609 1.589 0.983 0.34 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:4] "CODECB" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" >> $ CA :List of 8 >> ..$ eig : Named num [1:3] 0.011644 0.005342 0.000656 >> .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" >> ..$ u : num [1:180, 1:3] 0.997 0.862 -0.981 1.943 0.23 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" >> ..$ v : num [1:4, 1:3] -3.122 -3.472 2.725 -0.189 6.056 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" >> ..$ u.eig : num [1:180, 1:3] 0.1075 0.093 -0.1058 0.2096 0.0248 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" >> ..$ v.eig : num [1:4, 1:3] -0.3369 -0.3747 0.294 -0.0203 0.4426 ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" >> .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" >> ..$ rank : int 3 >> ..$ tot.chi: num 0.0176 >> ..$ Xbar : num [1:180, 1:4] 0.00201 0.00393 0.00269 -0.00524 0.00615 >> ... >> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... >> .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" >> $ method : chr "cca" >> $ inertia : chr "mean squared contingency coefficient" >> $ terms :Classes 'terms', 'formula' length 3 Y ~ Scale + CODE + >> AWMSI + NumP + dIICM1 + CA >> .. ..- attr(*, "variables")= language list(Y, Scale, CODE, AWMSI, NumP, >> dIICM1, CA) >> .. ..- attr(*, "factors")= int [1:7, 1:6] 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 ... >> .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. .. ..$ : chr [1:7] "Y" "Scale" "CODE" "AWMSI" ... >> .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... >> .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" >> ... >> .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1 >> .. ..- attr(*, "intercept")= int 1 >> .. ..- attr(*, "response")= int 1 >> .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv> >> $ terminfo :List of 3 >> ..$ terms :Classes 'terms', 'formula' length 2 ~Scale + CODE + AWMSI + >> NumP + dIICM1 + CA >> .. .. ..- attr(*, "variables")= language list(Scale, CODE, AWMSI, NumP, >> dIICM1, CA) >> .. .. ..- attr(*, "factors")= int [1:6, 1:6] 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 ... >> .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 >> .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... >> .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... >> .. .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" >> "NumP" ... >> .. .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1 >> .. .. ..- attr(*, "intercept")= int 1 >> .. .. ..- attr(*, "response")= num 0 >> .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv> >> ..$ xlev :List of 1 >> .. ..$ CODE: chr [1:4] "CB" "CO" "CP" "FR" >> ..$ ordered: Named logi [1:6] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE >> .. ..- attr(*, "names")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... >> - attr(*, "class")= chr "cca" >> >> 2013/2/6 FHRB Toledo <fernandohtoledo@gmail.com> >> >>> Veja o resultado de >>> >>> > str(vare.cca) >>> >>> Provavelmente é uma lista... aí você observa nessa lista, se tem alguma >>> posicao que se chama sites, dentro dessa posição deve haver uma matriz, >>> cujos nomes das linhas devem ser esses aí (row1, row2, row3, ...) >>> >>> Aí é só você mudar o nome das linhas dessa matriz e boa! >>> >>> Reportenos seus resultados! >>> >>> Lembrando que esse é apenas um chute, bem alto por sinal, afinal você >>> não nos forneceu um CMR! >>> >>> att, >>> FH >>> >>> 2013/2/6 Renata Carvalho <renataecology@gmail.com> >>> >>>> Bom dia, estou tentando fazer um plot de CCA mas não consigo colocar >>>> símbolos como referência aos sites. O R renomeou cada site para row1, row2, >>>> row3, Fui orientada a transformar cada site em número para depois atribuir >>>> os símbolos mas não estou conseguindo. Até agora tenho utilizado estes >>>> scripts: >>>> >>>> as.numeric (dados$CODE) >>>> >>>> plot(vare.cca, type="n") >>>> >>>> text(vare.cca, dis="cn") >>>> >>>> text(vare.cca, display = "sites", col="blue", cex=0.5) # aqui os sites >>>> aparecem no plot mas com o nome de row1, row2... >>>> >>>> Alguém sabe como posso fazer isso? >>>> >>>> obrigada >>>> >>>> Renata >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>> código mínimo reproduzível. >>>> >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >