Olá, Michelle!

Inicialmente gostaria de sugerir que você disponibilizasse os links dos arquivos do Dropbox diretamente no teu script, evitando as diversas mensagens de compartilhamento na lista. 
Para isso você pode consultar o tópico que segue:
<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Problema-em-abrir-conexao-com-source-do-Dropbox-Public-tp4662507.html>

Quanto ao problema em si, não entendi muito bem, mas deixo um trecho de código que pode te ajudar:

### <code r>
urls1 <- c("https://www.dropbox.com/s/kgxo3s8qrrv74p3/AAparaCalculodaMedia.txt",
          "https://www.dropbox.com/s/fhutciprhgt077x/AIGparaCalculodaMedia.txt",
          "https://www.dropbox.com/s/kvubgji1tce8sm8/AXPparaCalculodaMedia.txt")

### alterar links públicos para carregamento direto!
urls2 <- sub("^.*/s/", "http://dl.dropbox.com/s/", urls1) 

AA  <- read.table(urls2[1], header=T, as.is=T)
AIG <- read.table(urls2[2], header=T, as.is=T)
AXP <- read.table(urls2[3], header=T, as.is=T)

sapply(c("AA", "AIG", "AXP"), function(x) length(get(x))) ### tamanhos diferentes
sapply(c("AA", "AIG", "AXP"), function(x) tail(names(get(x))))

COR <- NULL
for (i in 2:394) {
     AA_AIG  <- cor(AA[,i],  AIG[,i],  use = "pairwise.complete.obs")
     AA_AXP  <- cor(AA[,i],  AXP[,i],  use = "pairwise.complete.obs")
     AIG_AXP <- cor(AIG[,i], AXP[,i],  use = "pairwise.complete.obs")
     row <- data.frame(i, AA_AIG, AA_AXP, AIG_AXP)
     COR <- rbind(COR, row)
}

head(COR)
### </code>



Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

2015-03-18 13:38 GMT-04:00 Michelle Bau Graczyk <mbgraczyk@gmail.com>:
Boa tarde,

Eu tenho tres matrizes de tres empresas diferentes que estao dispostas da seguinte maneira:

Empresa AA
data            9:31
data          
09:31 09:32 09:33 09:34 09:35 09:36 09:37 09:38 09:39 09:40 09:41 09:42 09:43 09:44  09:45  09:46  09:47  





















2004-07-01		 700 200 7000 9400 1300 1500 6300 1800 4300 1300 4800 3900 2500 4300 4300






2004-07-02 NA NA 68900 2800 4900 1200 12300 NA NA 6500 NA 2900 8900 11600 26900






2004-07-06 800 4400 13700 10700 4700 4000 18700 9000 2100 2300 700 8900 10500 3900 8400






2004-07-07 NA 5600 1000 7300 5600 11200 3900 5800 5700 4500 34400 4100 500 15300 500






2004-07-08 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 154100 42400 16700 4700 5900






2004-07-09 NA 96900 1000 20400 18300 18000 22500 4100 6000 1000 1900 3700 600 2900 14600






2004-07-12 1400 100 4500 3000 1300 4200 6500 4500 1600 1600 5600 7600 1900 4600 8300






2004-07-13 NA 5600 3400 16900 9000 5700 16500 1800 21000 6300 5900 12500 51000 7500 13100






2004-07-14 NA NA NA NA NA NA 164400 35000 41600 56600 27800 36500 55300 29900 13100






2004-07-15 NA 8100 2000 6100 4900 4500 2500 1400 5200 4100 5400 4000 13400 3200 11300






2004-07-16 282300 18100 30400 NA 15900 40800 9000 5300 5200 27600 7600 12100 8400 1000 8400






2004-07-19 28700 1700 2900 9500 400 2800 1100 6200 11500 17900 11100 16000 6800 5200 7100







Onde as datas vao de 2004-07-01 ate 2004-12-31(ao todo 128)  e os horarios vao de 09:31 ate 16:04( ao todo 397)

Eu quero calcular a correlacao entre essas tres empresas para cada hora fixa,ou seja, para a empresa AA eu calculo com ela mesma e com a AIG e a AXP para cada hora fixa, e por isso montei este programa:

A<-read.table(file="/home/usuario/Documentos/AAparaCalculodaMedia.txt", header=TRUE)
AA.<-as.matrix(AA)
##write.table(AA.,"AA..txt")
AXP<-read.table("/home/usuario/Documentos/AXPparaCalculodaMedia.txt",header=TRUE)
AXP.<-as.matrix(AXP)
##write.table(AXP.,"AXP..txt")
AIG<-read.table("/home/usuario/Documentos/AIGparaCalculodaMedia.txt",header=TRUE)
AIG.<-as.matrix(AIG)

Symbols<-c("AA.","AIG.","AXP.")
matrizAA<-matrix()
j<-1
for (j in 1:length(Symbols)){
  empresa<-paste0(Symbols)#,"[",j,"]")
 
  for (i in 2:397){
    empresa1<-as.numeric(paste0(empresa,"[,",i,"]"))
    head(empresa1)
    matrizAA[,i-1]<-cor(as.numeric(AA.[,i]), as.numeric(empresa1), use="pairwise.complete.obs")
   
  }
 
}

Mas da o erro: Erro em cor(as.numeric(AA.[, i]), as.numeric(empresa1), use = "pairwise.complete.obs") :
  incompatible dimensions
Além disso: Mensagens de aviso perdidas:
NAs introduzidos por coerção

Eu achava que usando o use = "pairwise.complete.obs" as correlacoes seriam calculadas apenas entre pares de numeros, mas acho que isso nao esta acontecendo.
Os tres arquivos vou deixar em dropbox.

Muito obrigada,

Michelle

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