André,
rapidamente, sem o plot e também sem testar:

dados <- expand.grid(A=factor(paste("A", 1:3, sep="")),B=factor(paste("B", 1:4, sep="")), rep=1:4)
dados$y  <- rgamma(n=48,shape=2, scale = 2)
lapply(paste("B", 1:4, sep=""), function(x){summary(lm(y~rep, data = subset(dados,B==x)))})


Se funcionar, é só colocar as linhas do plot dentro da função.

abs
Paulo

Atenciosamente,
Paulo Nogueira Starzynski

2015-07-02 8:44 GMT-03:00 Diego Miro <d.miro1089@gmail.com>:
André, mão está otimizado mas já te dá um norte.

Estou assumindo que o resp do plot é o rep do objeto dados

b <- sort(unique(dados$B)) # ou levels(dados$B)
modelos.summary <- vector(mode = 'list', length = length(b))
for (i in 1:length(b)) {
  dados.modelo <- subset(x = dados, subset = B == b[i])
  modelos.summary[[i]] <- summary(lm(y ~ rep, data = dados.modelo))
  png(paste0("Gráfico ", b[i], ".png")) 
  plot(dados.modelo$y ~ dados.modelo$rep)
  dev.off()
}
names(modelos.summary) <- b

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