Boa tarde,
Gostaria de comparar a variação no acúmulo de N foliar entre duas comunidades vegetais utilizando regressões lineares filogenéticas (PGLS ou OLS). Tal análise foi realizada por Penũelas et al 2011 (tabela 2) ao comparar o acúmulo de nutrientes floiares entre duas comunidades vegetais, uma em Borneo e a outra no Hawaii (
http://www.esajournals.org/doi/abs/10.1890/ES10-00185.1).
O pacote CAPER possui a função 'pgls' capaz de rodar esse tipo de análise, entretanto, eu só encontrei exemplos sobre comparações de duas variáveis dentro da mesma comunidade:
require(caper)
data(shorebird)
shorebird <- comparative.data(shorebird.tree, shorebird.data, Species, vcv=TRUE)
mod <- pgls(log(Egg.Mass) ~ log(M.Mass), shorebird)