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Alexandre dos Santos
Proteção Florestal 
IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso
Campus Cáceres
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Naso era para funcionar mesmo o inicialmente tentando

Acrescentando detalhes:
seus objetos originais nao possuem os nomes de coluna que voce usou no tapply()

procure organizar dados em data-frames e certifique-se que os nomes de colunas estao definidos

d<-data.frame(trat=trat,id=id,y=y)
names(d)


Outra coisa evite criar tantos objetos de depois juntar no data.frame()
para nao criar confusao de nomes e objetos no seu workspace

- crie direto no data-frame

d <- data.frame(
       y = c(rnorm(100,5), rnorm(80,20), rnorm(100,15)),
       trat = c(rep(1,100), rep(2,80), rep(3,100)),
       id = c(rep(60,100), rep(84,180))
)

revise sua chamada de funcoes, na.rm nao é um argumento de length()

talvez vc queira isto:
ep.b3<-with(d, tapply(y, list(trat,id), sd, na.rm = T))/with(d, sqrt(tapply(y, list(trat,id), length)))

ou de forma mais direta:

ep.b3<-with(d, tapply(y, list(trat,id), function(x) sd(x, na.rm = T)/length(x)))



ou
- apague os objetos nao necessários apos combina-los no data.frame

On Tue, 12 Nov 2013, Rodrigo Coster wrote:

Não é mais fácil usar aggregate? 


2013/11/12 ASANTOS <alexandresantosbr@yahoo.com.br>
      Caros membros,

                Tenho variáveis respostas com diferentes tamanhos de vetores e na hora de calcular o erro padrão da média usando o with() e
      tapply(), em função dos diferentes comprimentos de vetores , não estou conseguindo calcular, alguém poderia me ajudar, segue CRM:

      y1<-rnorm(100,5)### Variável resposta
      y2<-rnorm(80,20)
      y3<-rnorm(100,15)
      y<-c(y1,y2,y3)


      trat1<-rep(1,100)### Variável explicativa tratamento
      trat2<-rep(2,80)
      trat3<-rep(3,100)
      trat<-c(trat1,trat2,trat3)

      id1<-rep(60,100)### Variável explicativa idade
      id2<-rep(84,180)
      id<-c(id1,id2)

      d<-cbind(trat,id,y)

      ep.b3<-with(d, tapply(y, list(trat,id), sd, na.rm = T)) /sqrt(with(d, tapply(y, list(trat,id), length, na.rm = T)))  ### Calculando o
      erro padrão
      ep.b3

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