Certamente os dois procedimentos estão utilizando estatísticas de teste diferentes para comparações múltiplas. Repare que no kruskalmc o nível crítico para alpha=0.05 é fixo, 19.7 aproximadamente, e no kruskal este nível crítico muda...aparentemente a estatística é outra, talvez utilizando uma aproximação para a Normal ou t, já que fornece um IC simétrico para as diferenças entre os postos. O ideal seria saber quais são as estatísticas, mas no manual do Agricolae não encontrei nada.

Não sei se ajudei muito...

Abs

Em 13 de março de 2012 10:22, Thiago de Paula Protásio <depaulaprotasio@yahoo.com.br> escreveu:
Olá Fernando!

Abaixo seguem os resultados.
A linha de comando é relativamente simples para as funções dos dois pacotes.


> require(agricolae)
> kruskal(O, Clone, alpha = 0.05, group=F, main = "Clone")

Study: Clone
Kruskal-Wallis test's
Ties or no Ties

Value: 11.6483
degrees of freedom: 6
Pvalue chisq  : 0.07029077 

Clone,  means of the ranks

        O replication
G008 22.5           5
G084 16.4           5
G122  6.8           5
U030 14.4           5
U034 20.3           5
U060 26.8           5
U083 18.8           5

Comparison between treatments mean of the ranks

            Difference   pvalue sig         LCL      UCL
G008 - G084        6.1 0.301092      -5.7600575 17.96006
G008 - G122       15.7 0.011312   *   3.8399425 27.56006
G008 - U030        8.1 0.172796      -3.7600575 19.96006
G008 - U034        2.2 0.706832      -9.6600575 14.06006
U060 - G008        4.3 0.463864      -7.5600575 16.16006
G008 - U083        3.7 0.527988      -8.1600575 15.56006
G084 - G122        9.6 0.108468      -2.2600575 21.46006
G084 - U030        2.0 0.732354      -9.8600575 13.86006
U034 - G084        3.9 0.506096      -7.9600575 15.76006
U060 - G084       10.4 0.083256   .  -1.4600575 22.26006
U083 - G084        2.4 0.681656      -9.4600575 14.26006
U030 - G122        7.6 0.199964      -4.2600575 19.46006
U034 - G122       13.5 0.027140   *   1.6399425 25.36006
U060 - G122       20.0 0.001776  **   8.1399425 31.86006
U083 - G122       12.0 0.047532   *   0.1399425 23.86006
U034 - U030        5.9 0.316920      -5.9600575 17.76006
U060 - U030       12.4 0.041064   *   0.5399425 24.26006
U083 - U030        4.4 0.453640      -7.4600575 16.26006
U060 - U034        6.5 0.271122      -5.3600575 18.36006
U034 - U083        1.5 0.797474     -10.3600575 13.36006
U060 - U083        8.0 0.177984      -3.8600575 19.86006



> require(pgirmess)
> kruskalmc(O~Clone, probs = 0.05, cont=NULL)

Multiple comparison test after Kruskal-Wallis 
p.value: 0.05 
Comparisons
          obs.dif critical.dif difference
G008-G084     6.1     19.68897      FALSE
G008-G122    15.7     19.68897      FALSE
G008-U030     8.1     19.68897      FALSE
G008-U034     2.2     19.68897      FALSE
G008-U060     4.3     19.68897      FALSE
G008-U083     3.7     19.68897      FALSE
G084-G122     9.6     19.68897      FALSE
G084-U030     2.0     19.68897      FALSE
G084-U034     3.9     19.68897      FALSE
G084-U060    10.4     19.68897      FALSE
G084-U083     2.4     19.68897      FALSE
G122-U030     7.6     19.68897      FALSE
G122-U034    13.5     19.68897      FALSE
G122-U060    20.0     19.68897       TRUE
G122-U083    12.0     19.68897      FALSE
U030-U034     5.9     19.68897      FALSE
U030-U060    12.4     19.68897      FALSE
U030-U083     4.4     19.68897      FALSE
U034-U060     6.5     19.68897      FALSE
U034-U083     1.5     19.68897      FALSE
U060-U083     8.0     19.68897      FALSE


Obrigado!


--
Thiago de Paula Protásio
Acadêmico de Engenharia Florestal
Universidade Federal de Lavras
Departamento de Ciências Florestais
Ciência e Tecnologia da Madeira
(035) 9183 - 2246



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Fernando A.B. Colugnati