Yuri, pode ler e carregar vários arquivos da seguinte maneira (e criar diretório):
(Não testei com seus dados)

### Indica diretório que vai trabalhar
setwd('~/caminho/')

# lista todos os arquivos com extensão .csv
input <- dir(pattern='.txt')
L <- length(input)

### Lendo arquivos e salvando em uma lista
dados <- NULL
for (i in 1:L){
dados[[i]] <- read.table(input[i],h=T)
cat(input[i],'\n')
}

agora é só fazer os cálculos que deseja e depois pode crira um diretório para salvar

### Cria diretório
dir.create('~/caminho/')

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Atenciosamente,


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Felipe E. Barletta Mendes
Estatístico(UFPR) - Conre3 9766-A
Mestrando em Bioestatística(UEM)
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