Essas mensagens de aviso também aparecem para mim em todas as máquinas que uso. Para ser sincero eu não sei a causa delas mas não comprometeram os resultados. Eu uso a ldply() com frequência e mensagens de aviso são comuns. Sempre que chequei os resultados não vi problema. A apesar do uso frequente não descobri a causa ainda.
> sessionInfo()
R version 3.0.1 (2013-05-16)
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[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] plyr_1.8
>
À disposição.
Walmes.