Marcos,

Você pode adicionar a nova série ao gráfico da primeira com points() e/ou lines(). Você pode também usar a lattice.

x <- 1:100
y1 <- rnorm(x)
y2 <- rnorm(y)

plot(y1~x, type="l")
lines(y2~x)

require(lattice)
xyplot(y1+y2~x)

Código não testado. Verifique a documentação das funções e forneça CMR no futuro.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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