Gilson,

São poucos NA, e pelo que vi nos dados não compromete a estimação dos efeitos. Se interação for significativa, dedobre. Se não for, despreze e trabalhe os efeitos principais. Você pode usar a contrast::contrast() e a multcomp::glht(). Fazer imputação dos dados para evitar os NA é um procedimento que desaconselho. (1), substituir pelo valor médio das outras repetições disponíveis vai gerar um desvio de zero, o que vai aumentar os graus liberdade e não aumentar a variância, ou seja, aumentando a precisão sem que exista. Na minha opinião, visto que há recursos disponíveis para o tratamentos dos NA, deve trabalhar apenas com os dados observados, sem imputação. Para uso da contrast() e glht() olha na ridículas do LEG.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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