Oi Luiz,
Também iniciei um projeto com mapas e R há pouco tempo.
Estou usando ggmap como biblioteca de interface para o Google Maps.
Ele trabalha com o ggplot2, dai você precisa ver que tipo de mapa você quer gerar.
No meu caso é um de densidade.
Eu gero o mapa em cinza e ploto a densidade de acordo com as ocorrências de uma determinada variável
em uma localidade.
Se o seu caso for similar, podes tentar ver neste link:
E, como eu gero uma animação a partir de vários gráficos, o pacote animation .
Eu gero mapas no tempo e uso este pacote para gerar uma animação que dá ideia da evolução
quando o tempo passa.