Re: [R-br] RES: Intervalos de confiança com boot.ci

23 Set 2015

      Elias,

Na verdade o w entrou na função apenas porque eu estava tentando reproduzir
o primeiro exemplo da função boot.ci. Eu não tinha intenção de colocar
qualquer peso na função. Mas sem o w a função boot retonrna sempre um erro.
Assim coloquei o w sempre com peso 1, achando que assim daria certo mas
sempre com pesos sem "função". O fato é que agora eu voltei a ter o
problema inicial. A função funciona mas retorna intervalos com valores
iguais a zero. Eu esperava que o intervalo contivesse o valor que retorna a
função originalmente que é

1.000319

e que fosse alguma coisa proxima dos intervalos que retornam a função
original SMR. Assim, os intervalos ainda não fazem sentido para mim.  Eu
ainda não consegui entender o que estou fazendo de errado.
...
SMR2 <- function(a,w=1){length(a$Hosp_Death[which(a$Hosp_Death==1)])*w/(length(a$SAPS3Pro2) * mean(a$SAPS3Pro2))*w}> SMR2(a)[1] 1.000319> plot(boo <- boot(a,SMR2,999,stype='w'))> boot.ci(boo)BOOTSTRAP CONFIDENCE INTERVAL CALCULATIONS
Based on 999 bootstrap replicates
CALL : boot.ci(boot.out = boo)

Intervals :
Level      Normal              Basic             Studentized
95%   ( 0,  0 )   ( 0,  0 )   ( 0,  0 )

Level     Percentile            BCa
95%   ( 0,  0 )   ( 0,  0 )
Calculations and Intervals on Original Scale> quantile(boo$t,
c(0.025,0.975))        2.5%        97.5%
0.000000e+00 3.777955e-09
...
Pedro Brasil

Em 23 de setembro de 2015 10:50, Elias Teixeira Krainski <
eliaskrainski@yahoo.com.br> escreveu:
...
Considerando a funcao que calcula a estatistica, e' mais apropriado usar
stype='w' na funcao boot()
O CI fica menos amplo que o obtido por GLM:
plot(boo <- boot(a,SMR2,999,stype='w'))
boot.ci(boo)
m <- glm(Hosp_Death ~ offset(log(SAPS3Pro2)), poisson, data=a)
(coef.stats <- coef(summary(m)))
hist(boo$t)
abline(v=exp(coef.stats[1,1] + qnorm(c(0.025,0.5,0.975))*coef.stats[1,2]),
col=2)
abline(v=quantile(boo$t, c(0.025,0.975)), col=4)
Elias
On 23/09/15 15:40, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil wrote:
 Amigos de R,
Desculpa pela demora, so consegui voltar nessa análise hoje. Bom tentei
fazer o script recomendado pelo Elias. O pedaço do plot do bootstrap
funciona, mas o pedaço para gerar o intervalo de confiança retorna um erro.
...
library(boot)> SMR2 <- function(a,w=1){length(a$Hosp_Death[which(a$Hosp_Death==1)])*w/(length(a$SAPS3Pro2) * mean(a$SAPS3Pro2))*w}> SMR2(a)[1] 1.000319> plot(boo <- boot(a,SMR2,999,stype='i'))> boot.ci(boo)Error in bca.ci(boot.out, conf, index[1L], L = L, t = t.o, t0 = t0.o,  :
  estimated adjustment 'w' is infinite
Achei muito estranho a função plot do bot funcionar e o boot.ci não
funcionar. Possivelmente ha necessidade de resolver alguma configuração
para esse pedação do script.
Pedro Brasil
2015-09-23 0:19 GMT-03:00 ASANTOS <alexandresantosbr@yahoo.com.br>:
...
Mauro, segue o script,
dput(a[sample(1:nrow(a),100),c("Hosp_Death","SAPS3Pro2")])
structure(list(Hosp_Death = c(0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), SAPS3Pro2 = c(0.1205,
0.3768, 0.315, 0.3768, 0.0311, 0.0719, 0.1735, 0.75, 0.01, 0.1454,
0.1093, 0.0511, 0.0891, 0.3353, 0.0073, 0.0401, 0.0044, 0.0239,
0.5246, 0.1591, 0.0453, 0.0511, 0.8715, 0.1735, 0.6037, 0.4405,
0.2047, 0.0208, 0.1591, 0.2047, 0.1205, 0.2759, 0.0273, 0.0044,
0.2759, 0.0157, 0.0643, 0.2215, 0.2047, 0.1735, 0.1591, 0.0273,
0.0062, 0.0311, 0.0157, 0.4192, 0.0643, 0.1735, 0.239, 0.4618,
0.0401, 0.0802, 0.0273, 0.0239, 0.0025, 0.0157, 0.0311, 0.0157,
0.0719, 0.239, 0.0574, 0.0157, 0.0085, 0.0085, 0.1093, 0.2215,
0.1591, 0.0719, 0.0044, 0.8563, 0.0453, 0.2047, 0.1454, 0.0273,
0.0891, 0.0802, 0.0239, 0.0135, 0.0802, 0.2571, 0.1735, 0.0157,
0.3768, 0.2759, 0.0891, 0.2047, 0.1735, 0.1454, 0.0643, 0.0311,
0.0453, 0.2759, 0.0239, 0.0181, 0.4405, 0.0085, 0.0311, 0.1205,
0.6579, 0.1093)), .Names = c("Hosp_Death", "SAPS3Pro2"), row.names =
c(21875L,
6572L, 48643L, 11869L, 35683L, 48246L, 23919L, 29666L, 3676L,
45549L, 36453L, 14510L, 5082L, 1898L, 41549L, 25481L, 28590L,
38198L, 12822L, 12834L, 33267L, 34088L, 47720L, 30063L, 18326L,
11582L, 11454L, 34960L, 18785L, 11385L, 20605L, 28105L, 25496L,
1607L, 48766L, 36534L, 41868L, 45312L, 37206L, 26927L, 38944L,
21087L, 22343L, 1332L, 11496L, 29485L, 38316L, 4486L, 19757L,
45768L, 33028L, 12205L, 13150L, 41270L, 2780L, 44400L, 19696L,
26015L, 14651L, 39093L, 24905L, 17870L, 35016L, 42851L, 20464L,
33155L, 24924L, 33220L, 15379L, 28989L, 33286L, 34782L, 48534L,
9045L, 20403L, 40222L, 8821L, 31240L, 12465L, 11024L, 24407L,
45729L, 7412L, 22344L, 17737L, 3514L, 2335L, 22491L, 22493L,
14077L, 20346L, 12114L, 36868L, 16431L, 25112L, 31272L, 10877L,
14391L, 8422L, 45130L), class = "data.frame")
SMR <- function(obs.var,pred.var){
  if(length(obs.var) != length(pred.var)){
    stop("Length of pred.var and obs.var differ.")
   }
   if(any(min(pred.var) <0 | max(pred.var) > 1)){
     stop("The individual predicted death must range from 0 to 1.")
   }
   if(any(levels(as.factor(obs.var)) != c(0,1))){
     stop("Observed death variable must be coded as 0 and 1.")
   }
   O <- length(obs.var[which(obs.var==1)])
   E <- length(pred.var) * mean(pred.var)
   SMR <- O / E
   lowerCL <- O / E * (1 - 1 / (9 * O) - 1.96 / (3 * sqrt(O)))^3 * 100
   upperCL <- (O + 1) / E * (1 - (1 / (9 * (O + 1))) + 1.96 / (3 * sqrt(O
+ 1)))^3 * 100
   output <- c(SMR=SMR,lower.Cl=lowerCL,upper.Cl=upperCL)
   output
 }
SMR2 <-
function(a,w=1){length(a$Hosp_Death[which(a$Hosp_Death==1)])*w/(length(a$SAPS3Pro2)
* mean(a$SAPS3Pro2))*w}
boot.ci(boot(a, SMR2, R = 10, stype = "w",parallel = "multicore"))
x <- boot.ci(boot(a, SMR2, R = 10, stype = "w",parallel = "snow"))
SMR2 <- function(a,w=1)
    sum(w*a$Hosp_Death)/sum(w*a$SAPS3Pro2)
SMR2(a) ### SMR observada nos dados
require(boot)
plot(boo <- boot(a,SMR2,999,stype='i'))
boot.ci(boo)
Em 22/09/2015 23:14, Mauro Sznelwar escreveu:
...
Alguém poderia passar o código anterior, pois eu apaguei o que chegou
antes.
vc pode fazer assim:
SMR2 <- function(a,w=1)
      sum(w*a$Hosp_Death)/sum(w*a$SAPS3Pro2)
SMR2(a) ### SMR observada nos dados
require(boot)
plot(boo <- boot(a,SMR2,999,stype='i'))
boot.ci(boo)
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