Olympio,

Um primeiro passo na direção de uma solução definitiva.

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# Abrir página.
browseURL("http://www.tse.jus.br/eleitor/biometria/biometria-atual-do-dia")

# 1. Use F12 para abrir as ferramentas de desenvolvimento do navegador.
# 2. Visite aba "Network".
# 3. Limpe todos os eventos (clique na lixeira).
# 4. Na página, clique no botão de Download do arquivo.
# 5. Inspecione na aba "Network" a requisição.
# 6. No "Headers" da requisição, copie o "Request URL".
# 7. Use o "Request URL" para baixar o arquivo e escrever em disco.
# 8. Note que o existem partes comuns no "href" dentro da página e no
#    endereço da "Request URL". Com isso você pode tentar prever a
#    "Request URL" pelo código fonte da página HTML.

# href do HTML: "javascript:window.location.href=apex.server.url({p_request: 'FLOW_EXCEL_OUTPUT_R69876138832319545_pt-br'},2); null;"
# Request URL: "http://inter04.tse.jus.br/ords/dwtse/wwv_flow.show?p_flow_id=164&p_flow_step_id=2&p_instance=10013814358375&p_debug=&p_request=FLOW_EXCEL_OUTPUT_R69876138832319545_pt-br"

library(httr)

url <- "http://inter04.tse.jus.br/ords/dwtse/wwv_flow.show?p_flow_id=164&p_flow_step_id=2&p_instance=10013814358375&p_debug=&p_request=FLOW_EXCEL_OUTPUT_R69876138832319545_pt-br"

u <- GET(url)                          # Faz requisição.
content(u)                             # Conteúdo binário.
writeBin(content(u), con = "file.xls") # Escreve em disco.

# Escrevendo em disco direto.
GET(url, write_disk("file2.xls"))

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À disposição.

Walmes.