Aqui vai, Alana,

Como você não compartilhou um conjunto mínimo de dados para a reprodução do seu exemplo, inventei algumas variáveis. 

abs,
Rogério


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rm(list=ls())

####### "Invenção" de um conjunto de dados
n=500
col.1 = rep(NA,n)
s1.2009 = cumsum(rnorm(n))
s1.2010 = cumsum(rnorm(n))
s1.2011 = cumsum(rnorm(n))
s1.2012 = cumsum(rnorm(n))
s1.2013 = cumsum(rnorm(n))

dados = data.frame(cbind(col.1, s1.2009,s1.2010,
                         s1.2011,s1.2012, s1.2013))


####### Gráfico:


boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que os eixos não sejam desenhados
title(col.main="blue",
      main= 'Indicador Hemoglobina, \n semestres compreendidos entre 2009 e 2013') # Acrescenta o título do gráfico === o comando era col.main

title(col.lab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X  ==== o comando era apenas col.lab
title(col.lab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y

box() # Desenha a caixa em torno do gráfico
axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico
axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no eixo X (representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas  dos semestres compreendidos entre 1s09 e 1s2013

medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias
points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot === só pode ser usado se o boxplot já estiver plotado. 





2013/8/27 <alanarocha@sapo.pt>
estes são os erros de grafico que estou a ter como resolvo?
boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que os eixos não sejam desenhados
title(col.name="blue",main= 'Indicador Hemoglobina, semestres compreendidos entre 2009 e 2013') # Acrescenta o título do gráfico
Warning message:
In title(col.name = "blue", main = "Indicador Hemoglobina, semestres compreendidos entre 2009 e 2013") :
  "col.name" is not a graphical parameter
title(col.xlab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X
Warning message:
In title(col.xlab = "blue", xlab = "semestres") :
  "col.xlab" is not a graphical parameter
title(col.ylab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y
Warning message:
In title(col.ylab = "blue", ylab = "Percentual") :
  "col.ylab" is not a graphical parameter
box() # Desenha a caixa em torno do gráfico
axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico
axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no eixo X (representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas  dos semestres compreendidos entre 1s09 e 1s2013

medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias
points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot
Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) :
  plot.new has not been called yet

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