[R-br] Comparacão com Nas

Boa tarde, estou com um problema ao tentar comparar celulas de uma matriz
que contem NA.
Bom, eu determinei um valor de corte, e eu quero que valores abaixo destes
virem zero.O problema é que a coluna já possue NA, então quando eu tento
comparar com o o valor de corte dá aquele erro
Erro em if (file[j, 2] < volumeDeCorte) file[j, 2] <- 0 :
  valor ausente onde TRUE/FALSE necessário
O programa e um pedaço do data frame vai abaixo. Alguem poderia me ajudar,
por favor? Parece extenso mas é bem simples,só coloquei mais dados para que
seja possivel visualizar o que eu quero.
Muito obrigada!
>
file<-read.table("/Users/bau/Análise20%/AIG_matrizReorganizadaPorHorario.txt",
header=TRUE)
> volumeDeCorte=82400
> file[1:10,]
         data X09.31 X09.32 X09.33 X09.34 X09.35 X09.36 X09.37 X09.38
X09.39 X09.40
1  2004-07-01   3600     NA   3400  13300   5600   7200   9600   3300
7200  10500
2  2004-07-02    800   1400    500    900   5700   3400   2000   8300
 800   2500
3  2004-07-06     NA   3100   6300   2000  10900   3000   6200   4800
3700    200
4  2004-07-07   2100  10100   4400   6300   8800   5100  21600   8500
3300   3900
5  2004-07-08     NA   2100   2100   8000  11200   4200   5600   4800
3800   4200
6  2004-07-09   3900   6300   9500   6700   3000   4900   4500   5000
3300   5000
7  2004-07-12   5000   5100  13700   9300   5500   3400   7900  19400
9300   9300
8  2004-07-13  76600   7500   6700   9600   8300  10200   7000   5200
 11100   4600
9  2004-07-14  92200   1900   1800  23200   4500  12600  10400  35700
5800  26100
10 2004-07-15    500    800   1800    500   5700   1800     NA   1900
3900   3300
   X09.41 X09.42 X09.43 X09.44 X09.45 X09.46 X09.47 X09.48 X09.49 X09.50
X09.51
1    4000   1500   3600   5700  11400   3100   3800   1400   4600   2500
5000
2    1500    100   1200   3900   3900   2700   6400   5600   4600   2300
1300
3    2800  26400   1400   2900  25100   2300   5200   9700   3200   5800
 12700
4    2900   2900   3200   5400   7700  10300   4100   1800   2500   3100
2400
5    3200   3900   5100   3400   3900   5600   1500  14100    600    900
4500
6    3100   5400   4500   4100   2100   2600   6600   3900   5800   2700
5400
7   13900   7300   9100   7400  22400   8100   8300   8500  24900   7100
 24500
8   28400   2100   6200   4700   8600   8600  10700   8700  14000   9900
9400
9    5500  22700   3000  19300   3800  15500   2800  20200  12000  12600
 30700
10   1000   7600   2000   3600    500   4800   5700   1300   3400    700
3000
   X09.52 X09.53 X09.54 X09.55 X09.56 X09.57 X09.58 X09.59 X10.00 X10.01
X10.02
1     500   5700   5500   1100   5500   4000  10300  13200   7400    900
  NA
2    3900   5900   2500    800    300   2800   1100   4400   1200    400
1300
3   20200   5400   1800   2900   2600   6200    900   1100   4600   6800
1300
4    1600   7900   1900   6400   5500   7600   2200   2700   3400   4100
2400
5    3400   2300   2400   1400   1600    200  13100  10500   2900   2700
3300
6   11900   6100   7100   1500   6200   1700   7100   3500   2700   4000
5200
7    6400  11200  16000   3600   4500   4700   4900  31200   4200   2300
3900
8   26400  11100  15600  19500  15500   8500   7300  10000   8400  11400
 10800
9    8000   3800   6000   1500   5500  15700  30600   3500   3400  18500
2800
10   3700   2500   5600   7500   2000   2600   1300   6100   1700   7800
 200
   X10.03 X10.04 X10.05 X10.06 X10.07 X10.08 X10.09 X10.10 X10.11 X10.12
X10.13
1    4500   6800   5900   2400   1300   1800    300   1400   1700   2900
4600
2    3400    300   8200   8000   2200    900   1100   1400  10400   1300
5000
3    1300   1100   3100   4200    900   3300   2100   3500   6000   4100
7200
4    4800   5900   3800   5700   4300   1800  13300   1200   7300  11000
2200
5    6000   1100   5900   1200  12000  11600   6600   2000   1800   3500
2500
6   11900   8800   3500   5000   8400   3500   6800   3600   3500   2600
4400
7    4000   9400  10100  24100   4900   3700   8300   2700   2900  16700
5000
8    2100  29600   2100   3700  12700   7100   2300   2500  13100   1100
9700
9    8600   4500   5900   7300   1200    900  23600   3500   5500   3400
 30200
10   7200   7600   5800   4700  18500   2400  32800   4900   9600   5800
6800
   X10.14 X10.15 X10.16 X10.17 X10.18 X10.19 X10.20 X10.21 X10.22 X10.23
X10.24
1   19700   5500   5000   5400   1100   5800    100   1000   3000   1600
2800
2    4200   5400   5700   3400    100   2600   5300   3900   3400    500
3300
3    7900  11200   3700   2800    900   2200   4200  11000  10400   4200
3700
4    6400   6500   5700  16700    500  10800   8300   9200   3600  16000
 600
5    2800   2800    800   3600   4000   3000   7100   3100   4300   3300
6900
6    6000   7900   2000   1700   5500   5000   2000   2100   5700   1100
4900
7    4400   9100   6500   6000  10900  10300  10100  11700   7100   2200
4600
8    6100   3100  22800   3900   4900   5500   8800   8500  16700  54800
 11100
9    7300   1100   2700   4700   2000   6200   8300   1700   5800  21200
 12200
10   3000   5700   1400  15500   7400   3200   8200   5900   9600   7500
4700
   X10.25 X10.26 X10.27 X10.28 X10.29 X10.30 X10.31 X10.32 X10.33 X10.34
X10.35
1    1000   1200  13000   8800   2500    500    600   1100   1100   1100
 20000
2    2100   2800   2200   3000   1900  16400   5500   4000    500   1700
2300
3    6300  10800   9300    700   1500   4700   4700   4500   7800   1400
1700
4     700   2000   8100   4700   1500   6500   1500  13300    600   5500
2100
5    5200    500   4300   1600   7100  10900   8800  10100   4200   1900
1700
6    4200   8600   1700   2800   6300   3400    700   2000   1100   2800
2900
7    7700   5300   2100  11200   7000   2400   5700  19900   5300   3300
3700
8    1000   7700   4500  16200   4400  10300   4300   3500  16800    700
1100
9    4100  12800  10400   3700   5300   5000   1000   7600   1400  14400
1600
10   2700   4300   4200  23300   6800   4400   5900   4200   9700   5600
6100
   X10.36 X10.37 X10.38 X10.39 X10.40 X10.41 X10.42 X10.43 X10.44 X10.45
X10.46
1    1700   3400    400   5500   5100    200   3100    100   4100   2100
 800
2    2500   2100   3000   4200   2200   1300   6800   6600  11200   7200
8200
3   10000   4400   8200   3000   4000   6400    600   4700   4800   1000
9300
4   11400   7000    800    800   2500   4800   4900   5500   4300   3400
5200
5    3300   5100   7200    900   4800   3200   3300   8300   9000    400
4600
6    1800   4200   2400   5200    400   4700   4800   4300   3100   5600
 22300
7   20600   2500   3400   1800  21300   7000  12000   3000   4800   1900
3200
8    2800  15200    300   5800   7300   2200   8200   4100   3300  10200
 14200
9   14400   7900   7300   3700   2600   1100   9000   2000   2100   4400
6000
10  14300  12600   8500   8300   3900   4300   6200   8600   9400   8800
6300
   X10.47 X10.48 X10.49 X10.50 X10.51 X10.52 X10.53 X10.54 X10.55 X10.56
X10.57
1      NA   5500   4300    600   2600   4300   2200  10900   6100  12100
 14900
2    7300   1500   1800   2300  12200   2800   8700   4000   6300  23400
2700
3    2600    300   4700   2600   7300   1000   3900   5700   5700    800
1800
4    2100  12700   1300   4300   7500   2700     NA   3500  14000   5900
3900
5   10000   5400   2500   1700   8700   4100   2100   2200   2400   4500
2000
6    3200  20700   3900   5900  11800    800   7200   3300   4500   7600
 800
7    1000   4900   2800   4400   6500   7100   8900   2600   2400   6200
 600
8   10200   3800  22000   6600   7000   4700   4400   7400   2700   3700
2600
9   10700  20000  11600   6700   3400   4900   8900  16500   1700   3200
1900
10   1700   6200    300   1800  11000   3200   4800   2300   5900   8100
9400
   X10.58 X10.59 X11.00 X11.01 X11.02 X11.03 X11.04 X11.05 X11.06 X11.07
X11.08
1    7900   3700   3700  18500  23800   4300   6900  11600  11000  16200
 10300
2    8500   2900   4300   2200    600   4900   1800   5000   4300   4100
 10300
3    1300   8800   2400   5700   1800   1200   3300  11500   6200   6300
5800
4    5900   4300  10700  10300   6400   4600   3400   5900   5000   5500
 10000
5    4400   4000   6100   5800   4500  22300   1400  10100   5200  14500
4100
6    4800   2500   7200   4100   1700   2000  11400   5800   8500   1100
2800
7    2300   1200   2700   2300  17100   4200   2400   1100  26400   6200
4400
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2100
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  NA
>
>
> for(j in 2:length(file)){
+   if(file[j,2]<volumeDeCorte) file[j,2]<-0
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