Ola, pessoal eu estou apanhando aqui para conseguir realizar uma analise de contrastes pra poder dizer que os resultados do Dia 1 são iguais do Dia 2, ai so no Dia 3 começa a aumentar.
Eu vi um exemplo usando a função gls do pacote nlme, mas não consegui reproduzir pra conseguir verificar o que falo acima.
Se alguém puder indicar um tutorial ou algum texto não muito complicado sobre como avaliar contrastes para anova de medidas repetidas, muito me ajudaria. 

Segue um exemplo dos dados:

#Criandos dados
set.seed(1)
Resposta<-c(rnorm(20,2),rnorm(10,5),rnorm(20,5),rnorm(10,8))
Perigo<-rep(c("Baixo","Alto"),each=30)
Id<-c(rep(1:10,3),rep(11:20,3))
Dia<-rep(rep(1:3,each=10),2)
dados<-data.frame(cbind(Perigo,Dia,Id,Resposta))
dados$Resposta<-as.numeric(levels(dados$Resposta))[dados$Resposta]

#Olhando os dados com um grafico
str(dados)
library(lattice)
xyplot(Resposta~Dia|Perigo,data=dados, pch=16, col="black", cex=1.3,
       strip=strip.custom(bg="white"),type=c("p","a"),scale=list(tck=c(1,0),alternating=1))

#Anova de medidas repetidas
modelo<-aov(Resposta~Perigo*Dia+Error(Id),data=dados)
summary(modelo)

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Grato
Augusto C. A. Ribas
 
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