No knitr você tem opções de chunk para isso. <<message=FALSE>>= deve resolver. Veja as opções em http://yihui.name/knitr/options. Além disso, uma solução possível seria (não testado com knitr mas eu usava muito com Sweave, deve funcionar)

<<requirements, echo=FALSE, results="hide">>=

require(blablabla)

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