Danilo Scorzoni Ré

2011/10/26 <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br>

Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
r-br@listas.c3sl.ufpr.br

Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
corpo da mensagem para
r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br

Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
endereço
r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br

Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."

Tópicos de Hoje:

1. Re: Gráficos no R ou Gnu Plot (Fernando Colugnati)
2. Comparações Múltiplas em GLM (Danilo Scorzoni Ré)
3. Re: Comparações Múltiplas em GLM (Edson Lira)
4. Re: Comparações Múltiplas em GLM (Benilton Carvalho)
5. Re: Comparações Múltiplas em GLM (Walmes Zeviani)

----------------------------------------------------------------------

Message: 1
Date: Tue, 25 Oct 2011 23:09:25 -0200
From: Fernando Colugnati <fernando@ipti.org.br>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Gráficos no R ou Gnu Plot
Message-ID:
<CAOLzYt28ZB+K4we38999v_62mXJkK08inXdptTYX1SFzere+aA@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Não devemos perpetuar práticas mesmo, e na estatística temos muitas práticas
ruins sendo perpetuadas que não dizem respeito a como editar ou fazer um
gráfico para que mais pessoas utilizem. Temos a horrível prática do uso do
p-valor como oráculo, de testes de hipótese que testam hipóteses erradas,
modelos enviesados, etc, etc...com isso perco o sono, fico angustiado
etc...(e revistas de áreas usuárias da estatística pedem essas coisas, assim
como pedem arquivos em xls...isso sim é o fim da picada). Com os gráficos em
excel eu já realmente relaxei e passei a ter mais tempo pra estas outras
questões! Há pouco tempo um cara morreu de cancer tentando mudar o
mercado...e não conseguiu um grande sucesso neste quesito (mas em outros,
temos de concordar)!
Abs

Em 25 de outubro de 2011 21:29, Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br
> escreveu:

> Pessoal,
> Este tópico é interessante é assim como o Pedro sei como é difícil
> utilizar um software que só você usar (R) dentro de uma empresa que só
> utilizar pacote office (E na maioria das vezes não desfrutando das
> poucas facilidades que eles te ajudam), tenho seguido a seguinte
> filosofia, não gostou do gráfico faça você!! com seu pacote preferido.
> Em minha análise eu creio que as pessoas de modo geral perder 50% do
> seu tempo "enfrufruzando" tabelas, gráficos e mapas de um relatório,
> acho isso um desperdício de vida, mas fazer oque né....
> ate mais
>
>
>
> Em 25 de outubro de 2011 19:38, Paulo Justiniano
> <paulojus@leg.ufpr.br> escreveu:
> > perpetuar a pratica nao ajuda muito....
> >
> >
> > On Tue, 25 Oct 2011, Pedro Rafael wrote:
> >
> >> Não Benilton é usar gráficos mais atraentes para ser colocado em um
> >> Power Point, não gráficos cegos e apagados para não dar sono no
> >> pessoal rsrsrsrs. Eu particularmente acho frescura. Sofro quando passo
> >> os gráficos feito no R porque tem algum fulano que quer editar tais
> >> gráficos. Criei várias funções que leem arquivos DBF que é formato que
> >> eu tenho aqui para calcular indicadores para estados, municípios,
> >> regionais de saúde mas os gráficos o pessoal reclama porque não sabem
> >> de R. Aí eu fico no dilema do que usar. Mas o Lema não é esse que você
> >> citou! Fazer um gráfico com um efeito em 3D a depender do gráfico não
> >> complica a cabeça de ninguém.
> >>
> >> 2011/10/25 beniltoncarvalho [via R-br]
> >> <ml-node+s2285057n3936773h40@n4.nabble.com>:
> >>>
> >>> Bem interessante a atitude da instituição: "para falar com leigos,
> >>> precisamos usar gráficos que complicam o entendimento da nossa
> mensagem".
> >>>
> >>>
> >>> --
> >>> Successful people ask better questions, and as a result, they get
> better
> >>> answers. (Tony Robbins)
> >>>
> >>> _______________________________________________
> >>> R-br mailing list
> >>> [hidden email]
> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >>> código
> >>> mínimo reproduzível.
> >>>
> >>> ________________________________
> >>> If you reply to this email, your message will be added to the
> discussion
> >>> below:
> >>>
> >>>
> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Graficos-no-R-ou-Gnu-Plot-tp3936555p3936773.html
> >>> To unsubscribe from R-br, click here.
> >>
> >>
> >>
> >> --
> >> Saudações,
> >> Pedro Rafael Diniz Marinho.
> >> Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.
> >> _______________________________________________
> >> R-br mailing list
> >> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >> código mínimo reproduzível.
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código
> > mínimo reproduzível.
> >
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>

--
Fernando A.B. Colugnati
Pesquisador Associado

Instituto de Pesquisas em Tecnologia e Inovação - IPTI
Tel. 55 11 8704-9812
www.ipti.org.br
fernando@ipti.org.br
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111025/5a531e18/attachment-0001.html>

------------------------------

Message: 2
Date: Wed, 26 Oct 2011 10:11:06 -0200
From: Danilo Scorzoni Ré <danilo.scorzoni@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
Message-ID:
<CA+bJVreC=uKJ_XJs4495NcK_tUuJ8FyQ+sWG5ruKhD77H+Mo3g@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Bom dia a todos,

É a primeira vez que envio para essa lista e, ainda por cima, é um assunto
que eu já vi comentarem por aqui, mas não tenho mais o e-mail (e não
encontrei nenhum local na web que dê pra acessar as mensagens já
enviadas...), mas meu problema é o seguinte.

Estou analisando um conjunto de dados de um delineamento casualizado em
blocos em duas áreas distintas. A primeira questão é que esse experimento
está instalado com o mesmo delineamento em duas áreas distintas e gostaria
de avaliar o efeito da área. Segundo o livro do Pimentel-Gomes, eu preciso
checar a homogeneidade de variâncias antes de proceder a análise usual, usei
então um teste de Bartlett e um de Levenne. Em ambos, a hipótese nula não
foi rejeitada, ou seja, não tenho evidência de que as variâncias sejam
heterogêneas. Porém, dada a natureza dos dados, não acho que seja isso
(proporções de variâncias entre a menor e a maior estão acima de 7). Dessa
forma, procedi a análise através do GLM com resposta com distribuição Gama.
Consegui um bom ajuste com boa análise de resíduos. A minha dúvida agora é:
como fazer comparações múltiplas usando o GLM? Sei que o Tukey pressupõe
modelos paramétricos, mas não me recordo se ele precisa pressupor
distribuição normal.

Desde já agradeço a atenção de todos e desculpe pelo texto extenso.

Um abraço,

--
Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestrando em Ciência Florestal
FCA / UNESP - Botucatu
(14) 8180-2494
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111026/54381e6a/attachment-0001.html>

------------------------------

Message: 3
Date: Wed, 26 Oct 2011 05:33:17 -0700 (PDT)
From: Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
Message-ID:
<1319632397.14122.YahooMailNeo@web160707.mail.bf1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Danilo, caso o seus dados não atenda as pressuposições,tem um teste não paramétrico que faz teste de médias. Veja o exemplo abaixo do pacote agricolae.

Não esqueça de instalar o pacote agricolae

library(agricolae)

?kruskal

data(corn)
attach(corn)
str(corn)
comparison<-kruskal(observation,method,group=TRUE, main="corn")
detach(corn)

No caso da homogeneidade da variância no pacote MASS tem a transformação de BOXCOX que é muito usada.

#Examples
?boxcox
require(MASS)
boxcox(Volume ~ log(Height) + log(Girth), data = trees,
lambda = seq(-0.25, 0.25, length = 10))

boxcox(Days+1 ~ Eth*Sex*Age*Lrn, data = quine,
lambda = seq(-0.05, 0.45, len = 20))

[]'s.
Edson Lira
Estatístico
Manaus-Amazonas

________________________________
De: Danilo Scorzoni Ré <danilo.scorzoni@gmail.com>
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Enviadas: Quarta-feira, 26 de Outubro de 2011 8:11
Assunto: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM

Bom dia a todos,

É a primeira vez que envio para essa lista e, ainda por cima, é um assunto que eu já vi comentarem por aqui, mas não tenho mais o e-mail (e não encontrei nenhum local na web que dê pra acessar as mensagens já enviadas...), mas meu problema é o seguinte.

Estou analisando um conjunto de dados de um delineamento casualizado em blocos em duas áreas distintas. A primeira questão é que esse experimento está instalado com o mesmo delineamento em duas áreas distintas e gostaria de avaliar o efeito da área. Segundo o livro do Pimentel-Gomes, eu preciso checar a homogeneidade de variâncias antes de proceder a análise usual, usei então um teste de Bartlett e um de Levenne. Em ambos, a hipótese nula não foi rejeitada, ou seja, não tenho evidência de que as variâncias sejam heterogêneas. Porém, dada a natureza dos dados, não acho que seja isso (proporções de variâncias entre a menor e a maior estão acima de 7). Dessa forma, procedi a análise através do GLM com resposta com distribuição Gama. Consegui um bom ajuste com boa análise de resíduos. A minha dúvida agora é: como fazer comparações múltiplas usando o GLM? Sei que o Tukey pressupõe modelos paramétricos, mas não me recordo se
ele precisa pressupor distribuição normal.

Desde já agradeço a atenção de todos e desculpe pelo texto extenso.

Um abraço,

--
Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestrando em Ciência Florestal
FCA / UNESP - Botucatu
(14) 8180-2494

_______________________________________________
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111026/dac3b546/attachment-0001.html>

------------------------------

Message: 4
Date: Wed, 26 Oct 2011 13:38:20 +0100
From: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br>
Subject: Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
Message-ID:
<CAO-arWNG_7VnipqftsexdORqGrG0ZWjtt_FnKcqEgiwXZA5O5A@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1

Hipoteses de distribuicao para casos assim referem-se `a distribuicao
dos **estimadores**, nao dos dados... E minha (fraca) memoria nao se
recorda de nenhuma hipotese de distribuicao no teste de Tukey, mas
posso estar enganado....

------------------------------

Message: 5
Date: Wed, 26 Oct 2011 10:45:07 -0200
From: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
Message-ID:
<CAFU=EkYkW5EsmUR8aKG5KTsQHa+eVLsW4wkNmc_9LkyScO2taw@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Tukey supõe distribuição normal para os estimadores (como Benilton
assinalou) pois é baseado da distribuição da amplitude total studentizada.
Assintóticamente os estimadores nos GLMs terão distribuição normal. Então é
possível usar o procedimento. Detalhe é que como nos GLMs a variância não é
constante e é em geral dependente da média, as estimativas terão diferentes
erros padrões, e por isso assim também serão os contrastes entre elas. A
multcomp::glht() oferece recursos para isso, mas não aplica teste de Tukey,
faz os contrastes de Tukey (2 a 2) e corrige p-valor por diversos métodos
(opções da função).

À disposição.
Walmes.

==========================================================================
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: walmes@ufpr.br
twitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
linux user number: 531218
==========================================================================
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111026/13fcd070/attachment-0001.html>

------------------------------

_______________________________________________
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br

Fim da Digest R-br, volume 8, assunto 33
****************************************

--
Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestrando em Ciência Florestal
FCA / UNESP - Botucatu
(14) 8180-2494