Alexandre,

O que é índice ambíguo e decisão na distribuição do índice?
No seu CMR, se você diz que é DIC, não precisa incluir efeito das repetições. E mesmo que fosse um caso de inclusão, elas deveriam ser codificadas como fator e não métricas. Se entendi, você questiona a apresentação dos resultados da glht(). Você tava esperando um conjunto de letras ao lado das estimativas pontuais, é isso? Isso não vai acontecer, mesmo porque, para atribuir letras sem ter problemas de interpretação, é necessário que todo par de contraste tenha o mesmo erro padrão, para que exista uma dms (diferença mínima significativa) constante. Isso só ocorre para o caso Gaussiano quando temos homocedasticidade e balanceamento. Veja na coluna Std.Err. que os erros padrões são variáveis. Isso porque na família glm a variância depende da média, logo, contraste entre médias tem variância que dependem das médias envolvidas. Na biblioteca HH existe um método gráfico para ajudar a interpretar essa saída http://www.oga-lab.net/RGM2/func.php?rd_id=HH:mmc.

#y1 <- c(rpois(100, lambda=5), rpois(100, lambda=10), rpois(100, lambda=5), rpois(100, lambda=7))##Geração da variável resposta
y1 <- c(mapply(rpois, lambda=c(5,10,5,7), MoreArgs=list(n=100)))
#trat <- c(rep(1,100), rep(2,100), rep(3,100), rep(4,100))##Geração dos
trat <- gl(4,100)
#repeticao <- rep(1:100, 4) ##Imaginado um DIC colocando as repetições
#trat<-as.factor(trat)
# se é dic, não inclui efeito das repetições
m.1 <- glm(y1~trat,family="poisson")
anova.m.1 <- anova(m.1, test="Chi")
anova.m.1
summary(glht(m.1, linfct=mcp(trat="Tukey")))

À disposição.
Walmes.

==========================================================================
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: walmes@ufpr.br
twitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
linux user number: 531218
==========================================================================