Hugo,
não costumo lidar muito com dados temporais assim. Sugiro dar uma pesquisada em pacotes e funções que lidem com datas.
O Henrique (membro aqui da lista) certa vez me mostrou algumas funções bem interessantes, mas não consegui localizá-las.
Se souber ingles tente fazer buscas no google com o que você quer e "[r]" tem grandes chances de encontrar respostas na lista internacional do R.
A função que lhe passei vai funcionar e inclusive ela é capaz de agregar por data, no entanto, você precisa de alguma forma converter a data para semana.
Um abraço,