Olympio, Não é possível fazer testes para níveis de Trat1 dentro de Trat2 com a formula assim ~Trat1/Trat2, isso por causa da codificação das matrizes envolvidas. Você tem que usar Trat2/Trat1, ou Tra3*Trat2 (ou inverso), ou ainda criar um novo fator combinando os níveis desses que pode ser conseguido com a interaction(). No seu caso, você deve ajustar o modelo com Trat2/Tempo/Trat1, o fator de níveis a serem comparados deve ser o último na fórmula do modelo. Se for usar a contrast::contrast() o modelo tem que ter estrutura cruzada e não aninhada. Veja, Id: Unidade Amostral #Estrutura dos dados: set.seed(13032012) d=expand.grid(Trat1=gl(3,18),Tempo=gl(2,1)) d$Trat2=gl(2,9,108) d$Id=as.factor(rep(1:54,2)) d$Y=abs(rnorm(108,c(10,30,8),10)) str(d) #Verificar estrutura para a unidade amostral i=3, por exemplo d[d$Id==3,]: Tratamento1 =1, Tratamento2=1 Tempo=1, 2. #Ajuste que fiz usando lme library(nlme) f=lme(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo, random=~1|Id,d) summary(f) m0 <- lme(Y~Trat2/Tempo/Trat1, random=~1|Id,d) fixef(m0) anova(m0) require(aod) # 8 parâmetros = 8 g.l. da interação grep("*.:Tempo*.:Trat1*.", names(fixef(m0)), value=TRUE) idx <- grep("*.:Tempo*.:Trat1*.", names(fixef(m0))) # última linha da anova(m0) wald.test(Sigma=vcov(m0), b=fixef(m0), Terms=idx, df=nrow(d)-length(fixef(m0))) # assim é possível fazer testes de desdobramento de interação usando a wald.test() # é só saber que índices passar para Terms= para ter as hipóteses adequadas require(contrast) levels(d$Trat2) levels(d$Trat1) levels(d$Tempo) c0 <- contrast(m0, list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="1"), list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="2")) # modelo tem que estar na forma cruzada (*) e não aninhada (/) m0 <- lme(Y~Trat2*Tempo*Trat1, random=~1|Id,d) c0 <- contrast(m0, list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="1"), list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="2")) c0 c0$X # vetor de contrastes Depois é só você trocar os niveis na contrast() para demais comparações. Você pode reunir os vetores de contraste e fazer esses contrastes com a multcomp::glht() para ajustar o p-valor dos testes, visto que são muitas hipóteses não ortogonais. Consulte a documentação dessas funções. Aconselho você a sempre enviar perguntas para a R-br pois o sucesso de resposta é maior, sua dúvida pode ajudar os demais além de ficar no arquivo da lista para consulta futura. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2012/3/25 Olympio Neto <olympiotneto@gmail.com>
Walmes, muito obrigado por você estar sempre disponível a ajudar... Olha, eu deveria te pagar, porque já me ajudou milhares de vezes com suas intervenções.
Então, cara, eu tenho um problema. Vou colocar o que fiz aqui, usando aquele CMR que mandei.
Id: Unidade Amostral #Estrutura dos dados: set.seed(13032012) d=expand.grid(Trat1=gl(3,18),Tempo=gl(2,1)) d$Trat2=gl(2,9,108) d$Id=as.factor(rep(1:54,2)) d$Y=abs(rnorm(108,c(10,30,8),10))
#Verificar estrutura para a unidade amostral i=3, por exemplo d[d$Id==3,]: Tratamento1 =1, Tratamento2=1 Tempo=1, 2.
#Ajuste que fiz usando lme
library(nlme) f=lme(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo, random=~1|Id,d)
Veja, e "f" é meu modelo final, o melhor e tal. Acontece que quero fazer comparações múltiplas considerando somente Trat1 e Tempo, desprezando Trat2 dentro de Trat1. Estou me matando há 3 dias tentando isso e não consigo. Quando coloco Trat2, ela entra nos contrastes e não quero isso. Queria fazer isso, mas nem sei como te mostrar, desculpe, mas vai literalmente.
Trat1:1 X Tempo:1 - Trat1:2 X Tempo:1 Trat1:1 X Tempo: 1- Trat1:3 X Tempo:1 Trat1:2 X Tempo:1 - Trat1:3 X Tempo:1
Eu vi um exemplo parecido em http://www.ats.ucla.edu/stat/R/faq/testing_contrasts.htm, mas lá cria-se um novo modelo univariado com o comando interaction nos fatores. Poderia até fazer isso, mas isso iria alterar muito meu modelo, que já é complicado. Você vislumbra alguma forma de se resolver isso? Não queria perder a caracterização do aninhamento de Trat2 dentro de Trat1. Já tentei contrast, multcomp e tudo mais, mas sempre solicitam os níveis de saliva ou se coloco, eles aumentam as comparações.
Desculpe te encher com esta dúvida idiota, mas os contrastes no R me arrebentam, e há anos. Já li um zilhão de livros do R, mas quando preciso ir às vias de fato, me mato.
Abs e muito obrigado.
Olympio