Obrigado pelas considerações Walmes.
A tal matriz que enviei é só parte de uma matriz maior que codifica efeitos dos cruzamentos, blocos, capacidade de combinação
geral, capacidade de combinação especifica, efeito materno e efeito recíproco.
A matriz de incidência para os efeitos recíprocos codifica as diferenças observadas referentes a alternância dos genitores (fêmea-macho / macho-fêmea) e no caso os efeitos codificados por ela nos informa quem deve ser o genitor feminino e quem deve ser o masculino.
Minha dúvida na verdade era como formar contrastes entre os cruzamentos recíprocos na matriz CR do post.
Desculpe pela falta de clareza na mensagem anterior.
Agradeço pela ajuda.
Att.
Tiago.
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Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES
Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
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Date: Wed, 15 Oct 2014 23:56:23 -0300
From: walmeszeviani@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] ADAPTAR UMA MATRIZ NO R
Bem, eu confesso que também não teria entendido nada se eu tivesse um tiquinho de conhecimento bem pequeno em experimento dialelo. Do pouco que sei e nas vezes que precisei, tive que gerar a matriz que você menciona e fiz isso a partir da informação dos genitores. O CMR abaixo mostra como obter uma matrix com 1 e -1 em cada linha para genitor I e genitor II (não deveria ser 0.5 e 0.5 haja visto que o genótipo resultante tem como esperado 0.5 do efeito aditivo de cada genitor? Enfim...).
## 5 genótipos. Dialelo completo.
gen <- gl(5,1)
## m <- diag(nlevels(gen))
## U <- upper.tri(m)
## cbind(col(m)[U], row(m)[U])
da <- as.data.frame(t(combn(5, 2))) ## Equivalente porém mais conveniente.
names(da) <- c("genitor1","genitor2")
da <- transform(da,
genitor1=factor(genitor1, levels(gen)),
genitor2=factor(genitor2, levels(gen)))
levels(da$genitor1)
levels(da$genitor2)
X1 <- model.matrix(~0+genitor1, da)
X2 <- model.matrix(~0+genitor2, da)
X <- X1-X2
da$y <- rnorm(nrow(X))
lm(da$y~0+X)
À
disposição.
Walmes.
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