Prezados(as)

Precisamos de ajuda no seguinte problema:

 Estamos ajustando um modelo de transição em dados binários longitudinais, usando a resposta imediatamente anterior como covariavel. Os dados estão no arquivo "d_dogs.txt" em anexo. O interesse é construir IC simultâneos para as probabilidades condicionais.

d1=read.table("d_dogs.txt", header=T, quote="\"")

attach(d1)

gmod1 <- glm(y ~ Trat+y_ant, data = d1, family = binomial())

summary(gmod1)

###########################################################

library(multcomp)

gmod1_ci <- confint(glht(gmod1, linfct = mcp(Trat = "Tukey",covariate_average = TRUE)))

gmod1_ci$confint <- apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv)

gmod1_ci$confint

apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv)

plot(gmod1_ci, xlab = "Media da Prob marginal",

     xlim = c(0, 1))

A dúvida é a seguinte:

> apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv)

       Estimate       lwr       upr

B - A 0.5615396 0.5062051 0.6919771

C - A 0.7310586 0.5000000 0.7310586

D - A 0.5439900 0.5035155 0.6819754

C - B 0.7310586 0.5000000 0.7310586

D - B 0.5973698 0.5089817 0.7148991

D - C 0.5000000 0.5000000 0.7310586

Estes intervalos estão incoerentes com os resultados do gráfico:

plot(gmod1_ci, xlab = "Media da Prob marginal", xlim = c(0, 1))

Qual é o problema???????

Desde já agradeço