Olá Benilton..

Com as informações que você apresentou sobre as execuções, realizei a execução do script novamente.

Passando como parâmetro primeiramente (num.simu=1000), a qual ficou executando por mais de 18 horas e não 
conseguiu chegar ao final.
Na segunda execução, utilizei (num.simu=100) e obtive o seguinte resultado, quanto ao tempo:

  usuário   sistema decorrido 
60869.136    76.144 61005.444 

A chamada a função foi a seguinte, modificando apenas o valor do parâmetro:

system.time(preditos.simu <- volta.cokri(md.cov.ck,num.simu=100,int.conf=0.95))

Gostaria de saber como você executou para ter esses tempos tão pequenos.

Att,

Junior Beleti.