Caro Daniel, 

A sua importação deixa escapar o restante dos dados da primeira linha, por exemplo. 

Há valores não nulos que foram não lidos pois, como disse na mensagem original:

"No entanto, ele reconhece prematuramente fins de linhas em algumas linhas quando encontra campos com nulo [00 00]. Há valores não nulos não sendo lidos após campos nulos que provocam o reconhecimento de fim de linha".


No "resto"da primeira linha ainda há:

6271 FUNDACAO UNIVERSIDADE DE BRASILIA 15000 MINISTERIO DA EDUCACAO HOSP-HOSPITAL UNIVERSITARIO DE BRASILIA 26271 FUNDACAO UNIVERSIDADE DE BRASILIA 15000 MINISTERIO DA EDUCACAO 3 SEM VINCULO

Não informada Não informada RESIDENCIA MULTIPROFISSIONAL 40 HORAS SEMANAIS

Que não está sendo lido e ignorado por conta do fill = T.


====

Resolvi fazendo um programa em C que tira os nulos e substitui por espaços (abaixo).


Com isto, o arquivo é lido mesmo sem o fill:

url = "~/Downloads/teste2.csv"
y = read.table(url, header = T, sep="\t",quote="",stringsAsFactors=T,fileEncoding="UTF-16", fill=F)

Bem, obrigado pela ajuda, mas pena que não resolvi no R.


=======

#include <stdio.h>

#include <stdlib.h>



int main(int argc, const char * argv[])

{


    

    FILE * inFile;

    FILE * outFile;

    inFile = fopen("/Users/robertopinho/Downloads/teste.csv", "rb");

    outFile = fopen("/Users/robertopinho/Downloads/teste2.csv", "wb");

    

    while(!feof(inFile)){

        char c1;

        char c2;

        c1 = fgetc(inFile);

        c2 = fgetc(inFile);

        if(c1 == (int)NULL && c2 == (int)NULL){

            c1=0x20;

        }

        fputc(c1,outFile);

        fputc(c2,outFile);

        

    }

        

    

    fclose(outFile);

    fclose(inFile);


    return 0;

}






2012/11/1 Daniel Marcelino <dmsilva.br@gmail.com>
Tenta baixar os dados e importar do computador. É quase 1 gb de texto. É praticamente impossível não ter nenhum erro de codificação. 
Eu fiz assim e deu certo de novo com o arquivo "20120930_Servidores.csv":

data1 <- read.delim(file.choose(),header=TRUE,sep="\t",  fill=TRUE, fileEncoding = "UTF-16LE")


R version 2.15.1 (2012-06-22) -- "Roasted Marshmallows"
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
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Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> data1 <- read.delim(file.choose(),header=TRUE,sep="\t",  fill=TRUE, fileEncoding = "UTF-16LE")
> head(data1)
  ID_SERVIDOR_PORTAL                       NOME            CPF
1            1493044  AALINE SEVERIANO DA SILVA ***.592.871-**
2            1890528 AARAO CARLOS LUZ MACAMBIRA ***.017.623-**
3            1762984 AARAO CAVALCANTE DE AMORIM ***.292.777-**
4            1920165      AARAO DE ANDRADE LIMA ***.559.144-**
5            1611738  AARAO DIAMANTINO OLIVEIRA ***.056.281-**
6            1611738  AARAO DIAMANTINO OLIVEIRA ***.056.281-**
  MATRICULA              DESCRICAO_CARGO CLASSE_CARGO
1   019****                                          
2   016**** BIBLIOTECARIO-DOCUMENTALISTA            E
3   009**** AGENTE DE SERV DE ENGENHARIA            S
4   003****             PROFESSOR 3 GRAU            V
5   000****                                          
6   000****    ANALISTA DO BANCO CENTRAL            E
  REFERENCIA_CARGO PADRAO_CARGO NIVEL_CARGO SIGLA_FUNCAO NIVEL_FUNCAO
1               NA                       NA                          
2               NA                       NA                          
3               NA                       NA                          
4               NA                       NA                          
5               NA                       NA          FBC         FDT1
6               NA           IV          NA                          
                                FUNCAO CODIGO_ATIVIDADE
1                                                      
2                                                      
3                                                      
4                                                      
5 FUNCAO COMISSIONADA DO BANCO CENTRAL             FDT1
6                                                      
            ATIVIDADE OPCAO_FUNCAO_TOTAL
1                                       
2                                       
3                                       
4                                       
5 CHEFE DE SUBUNIDADE                   
6                                       
                          UORG_LOTACAO COD_ORG_LOTACAO
1                                                   NA
2                                                   NA
3                                                   NA
4                                                   NA
5 DEPTO. CONTR. GEST. PLAN. SUPERVISAO           25201
6 DEPTO. CONTR. GEST. PLAN. SUPERVISAO           25201
              ORG_LOTACAO COD_ORGSUP_LOTACAO          ORGSUP_LOTACAO
1                                         NA                        
2                                         NA                        
3                                         NA                        
4                                         NA                        
5 BANCO CENTRAL DO BRASIL              25201 BANCO CENTRAL DO BRASIL
6 BANCO CENTRAL DO BRASIL              25201 BANCO CENTRAL DO BRASIL
                        UORG_EXERCICIO COD_ORG_EXERCICIO
1                                                       
2                                                       
3                                                       
4                                                       
5 DEPTO. CONTR. GEST. PLAN. SUPERVISAO             25201
6 DEPTO. CONTR. GEST. PLAN. SUPERVISAO             25201
            ORG_EXERCICIO COD_ORGSUP_EXERCICIO
1                                             
2                                             
3                                             
4                                             
5 BANCO CENTRAL DO BRASIL                25201
6 BANCO CENTRAL DO BRASIL                25201
         ORGSUP_EXERCICIO TIPO_VINCULO SITUACAO_VINCULO
1                                   NA                 
2                                   NA                 
3                                   NA                 
4                                   NA                 
5 BANCO CENTRAL DO BRASIL            1 ATIVO PERMANENTE
6 BANCO CENTRAL DO BRASIL            2 ATIVO PERMANENTE
  COD_GRUPO_AFASTAMENTO COD_AFASTAMENTO DATA_INICIO_AFASTAMENTO
1                                    NA                        
2                                    NA                        
3                                    NA                        
4                                    NA                        
5                                    NA           Não informada
6                                    NA           Não informada
  DATA_TERMINO_AFASTAMENTO       REGIME_JURIDICO JORNADA_DE_TRABALHO
1                                                                   
2                                                                   
3                                                                   
4                                                                   
5            Não informada REGIME JURIDICO UNICO   40 HORAS SEMANAIS
6            Não informada REGIME JURIDICO UNICO   40 HORAS SEMANAIS
  DATA_INGRESSO_CARGOFUNCAO DATA_NOMEACAO_CARGOFUNCAO
1                                                  NA
2                                                  NA
3                                                  NA
4                                                  NA
5                27/04/2012                        NA
6                05/01/1998                        NA
  DATA_INGRESSO_ORGAO DOCUMENTO_INGRESSO_SERVICOPUBLICO
1                                                      
2                                                      
3                                                      
4                                                      
5                                             000000000
6                                             000000000
  DATA_DIPLOMA_INGRESSO_SERVICOPUBLICO DIPLOMA_INGRESSO_CARGOFUNCAO
1                                                                NA
2                                                                NA
3                                                                NA
4                                                                NA
5                        Não informada                           NA
6                        Não informada                           NA
  DIPLOMA_INGRESSO_CARGOFUNCAO.1 DIPLOMA_INGRESSO_SERVICOPUBLICO
1                                                               
2                                                               
3                                                               
4                                                               
5                                                               


2012/10/31 Jakson Alves de Aquino <jalvesaq@gmail.com>
2012/10/31 Roberto de Pinho <robertodepinho@gmail.com>:
> tbm sem sucesso:
>
> ata1 <- read.delim(url,header=TRUE,sep="\t",  fill=TRUE, fileEncoding =
> "UTF-16", as.is=T)
> ata1 <- read.delim(url,header=TRUE,sep="\t",  fill=TRUE, fileEncoding =
> "UTF-16")
> ata1 <- read.delim(url,header=TRUE,sep="\t",  fill=TRUE, fileEncoding =
> "UTF-16LE", as.is=T)
> ata1 <- read.delim(url,header=TRUE,sep="\t",  fill=TRUE, fileEncoding =
> "UTF-16LE")

Se estiver usando um sistema operacional que tenha o programa sed
instalado (qualquer distribuição do Linux), uma tentativa pode ser
"limpar" o arquivo, removendo os 0s:

sed -e 's/\x00//g' teste.csv > teste2.csv
sed -e 's/\xff\xfe//' teste2.csv > teste3.csv
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