Com as descrições dadas eu não consigo levantar nenhuma suspeita. Você está compilando com

require(odfWeave)
odfWeave("doc_in.pdt", "doc_out.odt")

??
Qual o resultado "printado" (log) durante essa compilação? Existe algo de suspeito?
Pode ser que isso não tenha nenhuma relação mas está usando aspas retas ou aspas curvas? Existe esse argumento print=T? Conheço os argumentos echo=, results=, eval=, fig=. Tentou usar TRUE e FALSE ao invés das abreviações?

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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