Você pode usar aov. A diferença esta na função para obter a análise de variância. Você usaou anova(). Veja a função Anova() do pacote car.
?Anova

Você também pode alterar o tipo de contraste na aov() ou na lm().

Observe na CMR abaixo as diferenças.


fator1<-as.factor(c(rep("A",12),rep("B",12)))

fator2<-as.factor(c(rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4),rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4)))

resposta<-c(39.03794, 30.19444, 32.57167, 34.87484, NA ,37.15130, 39.67066, 32.34696, 19.96688, 63.33362, 43.74447,47.39147, 37.37704, NA, 29.35858, 28.76528, 16.092950, 21.080503, 16.906132, 12.345620, 26.475927, 23.639545, 23.890539, NA)

dados<-data.frame(fator1,fator2,resposta)

require(easyanova)

m1<-aov(resposta~fator1*fator2, data=dados)
m2<-aov(resposta~fator1*fator2, data=dados, contrasts=list(fator1=contr.sum, fator2=contr.sum))
resultado<-ea2(dados)

anova(m1)
anova(m2)
Anova(m1, type=3)
Anova(m2, type=3)
resultado[1]



De: tiago souza marçal <tiagosouzamarcal@hotmail.com>
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Enviadas: Segunda-feira, 26 de Novembro de 2012 11:38
Assunto: Re: [R-br] Fatorial com parcelas perdidas

Obrigado pela ajuda Emmanuel, realmente as somas de quadrados foram bem diferentes das que eu obtive no CMR que enviei.

Então a função aov() não deve ser utilizada quando temos dados desbalanceados?

Att.

Tiago.

Date: Mon, 26 Nov 2012 04:59:32 -0800
From: emmanuelarnhold@yahoo.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Fatorial com parcelas perdidas


# install.pakages("easyanova")

require(easyanova)

resultado=ea2(dados)

resultado

names(resultado)


De: tiago souza marçal <tiagosouzamarcal@hotmail.com>
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Enviadas: Domingo, 25 de Novembro de 2012 20:07
Assunto: [R-br] Fatorial com parcelas perdidas

Prezados, 

gostaria de saber se no caso de parcelas perdidas é só substituir o valor perdido par NA e usar a função aov() como no exemplo abaixo.

fator1<-c(rep("A",12),rep("B",12))  

fator2<-c(rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4),rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4))

resposta<-c(39.03794, 30.19444, 32.57167, 34.87484, NA ,37.15130, 39.67066, 32.34696, 19.96688, 63.33362, 43.74447, 

47.39147, 37.37704, NA, 29.35858, 28.76528, 16.092950, 21.080503, 16.906132, 12.345620, 26.475927, 23.639545, 23.890539, NA)

dados<-data.frame(fator1,fator2,resposta)

anova<-aov(resposta~fator1*fator2)

summary(anova)


Existe algum pacote que realiza testes de comparação múltipla para dados desbalanciados.  

Att.

Tiago.



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