[R-br] Análise filogenética (pPCA)

Preciso rodar uma análise de componentes principais filogenética (ppca) utilizando o pacote adephylo. Gostaria de saber como montar uma árvore filogenica de Newik e salvar o resultado em formato phylo, para depois poder rodar a ppca. Possuo um conjunto de dados formado por 36 espécies e seis variáveis. Outra dúvida, o nome das espécies deve ser o nome das linhas ou devo manter uma coluna com o nome das espécies, ficando com 7 colunas ao invés de 6. Muito obrigado.