Pelo que entendi você quer a coordenada do centro do pixel/célula identificado. Se for isso mesmo posso sugerir duas opções, conforme código abaixo:
require(raster); require(sp)
## Criando um raster
r <- raster(nc=10, nr=10)
r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255))
##Pontos selecionados
x <- c(44.25,33.06,63.22,71.35)
y <- c(22.00,81.90,15.18,71.03)
pontos <- SpatialPoints(cbind(x,y))
cells <- cellFromXY(r, pontos); cells
coordinates(r)[cells,] ## alternativa 1
p.cen <- xyFromCell(r, cells); p.cen ## alternativa2
plot(r)
points(pontos, col="red")
points(p.cen)