Buenas André,
tenho usado o pacote XLConnect para abrir arquivos xls ou xlsx.
Tem sido uma boa alternativa. Abaixo segue um Código para exemplo.
Cordialmente,
RS
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### Codigo comentado
## Carrega o arquivo xls ou xlsx
wb <- loadWorkbook("arquivo.xlsx")
## Imprime na tela os nomes das "aba" ou "planilhas" existentes dentro do arquivo xls ou xlsx
getSheets(wb)
## Carrega os dados da planilha desejada para um data.frame no R
dados <- readWorksheet(wb, sheet = "Plan1")