Olá Pedro, Cara, muitíssimo obrigado por disponibilizar seu cmd vou começar a usa-lo e replica-lo com meus dados. Obrigado mais uma vez. Abs. Em 14 de setembro de 2016 16:13, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> escreveu:
Ei Abel,
Por coincidencia eu acabei de fazer um. Segue abaixo o script que usei. É grande, mas eu acho que fica bacana. É baseado num exemplo do pacote diagram.
# Meus bancos são sempre uma letra # Essa primeira seção é pra criar um objeto com as quantidades que seriam excluidas # Total de sujeitos incluidos total <- nrow(b) total
# Idade label(b$v6) cond <- which(b$v6 == "No") if(length(cond) > 0) { b <- b[-cond, ] } cond.idade <- total - nrow(b)
# Excluindo os HIV positivo cond <- which(b$v7 == "No") if(length(cond) > 0) { b <- b[-cond, ] } cond.semhiv <- total - cond.idade - nrow(b)
# Assinou o TCLE v8 cond <- which(b$v8 == "No") if(length(cond) > 0){ b <- b[-cond, ] } cond.TCLE <- total - cond.idade - cond.semhiv - nrow(b)
# Tosse ou RX sugestiva de TB v9 cond <- which(b$v9 == "No") if(length(cond) > 0) { b <- b[-cond, ] } cond.tosse <- total - cond.TCLE - cond.idade - cond.semhiv - nrow(b)
# CD4 abaixo de 200 v10 cond <- which(b$v10 == "No") if(length(cond) > 0) { b <- b[-cond, ] } cond.CD4 <- total - cond.tosse - cond.TCLE - cond.idade - cond.semhiv - nrow(b)
# Gestatnes v11 cond <- which(b$v11 == "No") if(length(cond) > 0) { b <- b[-cond, ] } cond.gestante <- total - cond.CD4 - cond.tosse - cond.TCLE - cond.idade - cond.semhiv - nrow(b)
# Amostra para LAM v12 cond <- which(b$v12 == "No") if(length(cond) > 0) { b <- b[-cond, ] } cond.urina <- total - cond.gestante - cond.CD4 - cond.tosse - cond.TCLE - cond.idade - cond.semhiv - nrow(b)
# Amostra de escarro v13 cond <- which(b$v13 == "No") if(length(cond) > 0) { b <- b[-cond, ] } cond.escarro <- total - cond.urina - cond.gestante - cond.CD4 - cond.tosse - cond.TCLE - cond.idade - cond.semhiv - nrow(b)
# Usou tuberculostaticos no ultimos 30 dias cond <- which(b$v13b == "No") if(length(cond) > 0){ b <- b[-cond, ] } cond.medicamento <- total - cond.escarro - cond.urina - cond.gestante - cond.CD4 - cond.tosse - cond.TCLE - cond.idade - cond.semhiv - nrow(b)
# Essa seção é pra criar um objeto que tenha os totais que sobram no banco e as quantidade que são retiradas.
tmp1 <- c(total,cond.TCLE,cond.idade,cond.semhiv,cond.tosse,cond. CD4,cond.gestante,cond.urina,cond.escarro,cond.medicamento) names(tmp1)[1] <- "Total" tmp2 <- c(cond.TCLE,cond.idade,cond.semhiv,cond.tosse,cond.CD4, cond.gestante,cond.urina,cond.escarro,cond.medicamento) names(tmp2) <- c("Didn't consent","Age < 18","HIV negative","No cough and normal X-ray","CD4+ > 200","Pregnancy","No urine available","No sputum available","Previous use of TB drugs") for(i in 2:length(tmp1)){tmp1[i] <- tmp1[i - 1] - tmp2[i - 1]}; rm(i) exclusao <- NA for(i in seq_along(tmp2)){ exclusao <- c(exclusao,c(tmp1[i],tmp2[i])) };rm(i) exclusao <- c(exclusao,c(tmp1[length(tmp1)])) exclusao <- exclusao[-which(is.na(exclusao))]
exclusao Total Didn't consent <NA> Age < 18 <NA> 278 0 278 0 278 HIV negative <NA> No cough and normal X-ray <NA> CD4+ > 200 25 253 1 252 45 <NA> Pregnancy <NA> No urine available <NA> 207 0 207 1 206 No sputum available <NA> Previous use of TB drugs <NA> 5 201 1 200 dput(exclusao) structure(c(278L, 0L, 278L, 0L, 278L, 25L, 253L, 1L, 252L, 45L, 207L, 0L, 207L, 1L, 206L, 5L, 201L, 1L, 200L), .Names = c("Total", "Didn't consent", NA, "Age < 18", NA, "HIV negative", NA, "No cough and normal X-ray", NA, "CD4+ > 200", NA, "Pregnancy", NA, "No urine available", NA, "No sputum available", NA, "Previous use of TB drugs", NA ))
rm(tmp1,tmp2,total,cond,cond.CD4,cond.escarro,cond. gestante,cond.idade,cond.medicamento,cond.semhiv,cond. TCLE,cond.tosse,cond.urina)
# Aqui um função baseada no diagram. # coord é uma matriz com as quantidades de colunas em cada linha onde os baloes serão colocados. No padrão ha duas colunas na primeira linha, duas na segunda... e uma coluna na ultima. # ft é uma matriz com duas colunas que indica onde as setas iniciam e terminam. Então se a primeira linha é 1,2 a seta inicia na posição superior esquerda e termina na posição superior direita no exemplo. se a linha for 1,3 a seta começa no superior esquerdo e termina no balçao imediatamente abaixo. Com apenas duas colunas todas as posição pares são a esquerda e a impares são a direita. A posição 5 e 7 são os baloes da esquerda da terceira e quarta linha respectiva. demorei a entender esses posicionamentos do diagram, mas uma vez entendido fica facil. # os demais argumentos são configurações passadas para a diagram::textellipse e diagram::straightarrow
plot.flowchart <- function(tmp, coord=c(2,2,2,2,2,2,2,2,2,1), ft=c(1,2,1,3,3,4,3,5,5,6,5,7,7,8,7,9,9,10,9,11,11,12,11,13, 13,14,13,15,15,16,15,17,17,18,17,19),radx=.18,rady=.05,arr. pos=0.6,arr.length=0.6,shadow.size=0,cex=.85){ require(diagram)
# Criando as matrizes com as posi??es dos baloes elpos <- coordinates(coord) fromto <- matrix(ncol = 2, byrow = TRUE, data = ft) arrpos <- matrix(ncol = 2, nrow = nrow(fromto))
# reduzindo as margens par(mar=c(1,1,1,1))
# Iniciando o grafico require(diagram) openplotmat()
# Colocando as setas no grafico for (i in 1:nrow(fromto)){ arrpos[i,]<- straightarrow(to=elpos[fromto[ i,2],],from=elpos[fromto[i,1],],lwd=1,arr.pos=arr.pos,arr. length=arr.length) }
# COlocando os baloes no gr?fico for(i in seq_along(tmp)){ if(!is.na(names(tmp[i]))){ textellipse(elpos[i,],lab=paste(names(tmp[i]),"\n",tmp[ i]),radx=radx,rady=rady,shadow.size=shadow.size,cex=cex) } else { textellipse(elpos[i,],lab=tmp[i],radx=radx,rady=rady,shadow. size=shadow.size,cex=cex) } } } plot.flowchart(exclusao)
Pedro Brasil
Em 14 de setembro de 2016 11:28, Abel Brasil Ramos da Silva via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Olá a todos,
Gostaria de saber como faço para produzir um fluxograma/diagrama de um data.frame, a ideia é produzir algo desse tipo, porém inserindo os totais de cada subamostra e a porcentagem em cada nó.
P.S: A forma de saída pode ser qualquer uma.
|Econômica /--S --- classe |Master |Executiva M---surv | |Econômica \--N --- classe |Master |Executiva sex--| |Econômica /--S --- classe |Master |Executiva F---surv | |Econômica \--N --- classe |Master |Executiva
Exemplo seria um banco similar a esse:
set.seed(1) sexo=sample(c(0,1),50,replace=T) sexo=factor(sexo,levels=c(0,1),label=c("Feminino","Masculino")) surv=sample(c(0,1),50,replace=T) surv=factor(surv,levels=c(0,1),label=c("Não","Sim")) classe=sample(c(0,1,2),50,replace=T) classe=factor(classe,levels=c(0,1,2),label=c("Econômica","Ma ster","Executiva"))
dados=data.frame(sexo,surv,classe)
s=table(dados$sexo);s sp=round(prop.table(s)*100,2);sp
Msexo=subset(dados,sexo=="Masculino") cM=table(Msexo$classe);cM cpM=round(prop.table(c)*100,2);cpM
Fsexo=subset(dados,sexo=="Feminino") cF=table(Fsexo$classe);cF cpF=round(prop.table(c)*100,2);cpF
Agradeço pela ajuda desde já.
Abs.
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