Você pode usar a função stack() que é dos pacotes básicos do R. Faz quase a mesma coisa que a reshape::melt(). Talvez seja o suficiente e atenda suas necessidades. O problema de instalar a partir de zips locais é a lista de pacotes dependentes, que você precisa saber de antemão e baixar todos os zips. Mas complica porque o pacote A depende do B. Só que o B pode depender do C, D. Enfim, o melhor é você tentar contornar o problema do proxy e instalar via web para garantir a instalação das dependências.

À disposição.
Walmes.