Caros listeiros,

         Estou tentando ordenar as variáveis dependentes mais importantes na projeção, dentre de 5 (y1 a y5), responsáveis pelas diferenças apresentadas por três tratamentos (colony1, colony2 e colony3) usando Permanova com a função adonis do pacote vegan. Porém, não estou conseguindo extrair essa informação do objeto man.col2, criado pela função adonis para ordenar as variáveis dependentes mais importantes que no meu caso separaram os tratamentos colony 1 e 2 da colony 3, alguém com familiaridade com a função adonis poderia me ajudar, segue CRM:

#Pacotes

require(vegan)

#Dados artificiais

#Tratamentos

colony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100)))

#Variáveis dependentes

y1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,3.5,0.1))

y2 <- c(rnorm(100,50,0.3),rnorm(100,50,0.3),rnorm(100,5,0.6))

y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.5))

y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,22,0.5))

y5 <- c(rnorm(100,15,0.1),rnorm(100,15,0.1),rnorm(100,14,0.1))

#Cria o data frame

avaliacao <- as.factor(colony)

espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5)

dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro)))

## Cria uma matriz de contraste

contrasts(avaliacao) <- cbind(c(1, -1, 0), c(1, 0, -1))

avaliacao.ortho <- model.matrix(~ avaliacao)

 

## Cria um fator para cada contraste

col1vs2 <-avaliacao.ortho[, 2]

col1vs3<-avaliacao.ortho[, 3]

#Permanova com adonis para o modelo completo

man.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99)

man.col

#Permananova com adonis para o modelo com o modelo decomposto

#Inserindo os contrastes de interesse

man.col2 <- adonis(dados$bands ~  col1vs2 + col1vs3, permutations=99)

man.col2

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Obrigado

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Alexandre dos Santos

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