Isso é decorrente do que mencionei na mensagem anterior. Você só tem plantio direto em um lugar. O efeito está confundido. Por isso o rank da matriz é deficiente. Isso ocorre com toda classe de modelo pois de fato não existe informação nos dados que permita identificar os parâmetros em questão. Na lm() um NA aparece nas estimativas dos coeficientes.

> da <- data.frame(local=gl(4,5), sistema="PC", stringsAsFactors=FALSE)
> da$sistema[da$local=="4"] <- "PD"
> da <- as.data.frame(da, stringsAsFactors=TRUE)
> da$y <- rnorm(nrow(da))
> str(da)
'data.frame':    20 obs. of  3 variables:
 $ local  : Factor w/ 4 levels "1","2","3","4": 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
 $ sistema: chr  "PC" "PC" "PC" "PC" ...
 $ y      : num  0.375 -0.646 -1.727 -1.764 -0.285 ...
> xtabs(~local+sistema, da)
     sistema
local PC PD
    1  5  0
    2  5  0
    3  5  0
    4  0  5
> m0 <- lm(y~local+sistema, data=da)
> coef(m0)
(Intercept)      local2      local3      local4   sistemaPD
 -0.8091214   0.6408831   0.5092444   0.2868672          NA
>

À disposição.
Walmes.