Como é o arquivo de dados, das respostas dos indíviduos? Bem, tiro no escuro: você pode usar a função merge() para parear o valor da questão ao lado da resposta de cada indíviduo. Depois você pode uma tapply() para obter o somatório de pontos de cada indivíduo. Os NA você substitui com (x vetor)

x <- c(1,2,3,NA,5,NA)
x[is.na(x)] <- 0

No caso de eu ter errado, descreva melhor a sua pergunta e adicione um CMR à mensagem.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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