df<-data.frame(destino=c('A','A','B','B','C','C'),

               origem=c('B','C','A','C','A','B'),

               dist=c(1,2,1,3,2,3))

Deste, a primeira coluna é um local a segunda também e a terceira é a distância entre estes dois locais.

Assim, é bastante intuitivo que a distância de A para B é a mesma que de B para A e portanto uma destas comparações pode ser eliminada.

Pergunta: 

Como que eu faço para remover as 'comparações duplicadas' do conjunto original (acima) de modo que ele fique igual ao conjunto abaixo???

rs<-data.frame(destino=c('A','A','B'),

               origem=c('B','C','C'),

               dist=c(1,2,3))