Jônatan,
respondendo as suas perguntas:
## estás concluindo isso da saída da linha de comando que há um limite de linhas para print.
Sim, realmente estou concluindo em função do limite de linhas para print.

## jogue em uma variavel o resultado do cbind e verifique
res <- cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r))
dim(res)
tail(res)
Abaixo está os resultados do código que você solicitou.
[24999,]  84  99 24999  9895
 [ atingido getOption("max.print") -- últimas 65001 linhas omitidas ]]

> matriz<-cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r))

> dim(matriz)
[1] 90000     4

> tail(matriz)
         row col        
[89995,] 300 295 89995 0
[89996,] 300 296 89996 0
[89997,] 300 297 89997 0
[89998,] 300 298 89998 0
[89999,] 300 299 89999 0
[90000,] 300 300 90000 0

Em relação a dica do shapefile, tentarei utilizar a função writeOGR() sugerida pelo autor, apenas não sei como criar os atributos. Conforme você sugeriu o link: http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/2013-April/010226.html

A questão agora é transferir este resultado "matriz" para um shapefile.
Caso eu tenha êxito ao gerar o shapefile, a coluna referente aos valores do pixel do meus raster contem valores que eu posso utilizar como join.

Mais uma vez obrigado!
Alex Santos